西安市4起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的分子特征分析

李焱; 吴瑞; 陈海龙; 张辉; 刘继锋; 冀贞浩; 邓杨妮; 马超锋

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西安市4起急性胃肠炎疫情中诺如病毒的分子特征分析

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诺如病毒（Norovirus,NoV）属于杯状病毒科诺如病毒属，能造成急性肠胃炎暴发，在全球流行广泛，但其在西安市的流行情况不明。为明确2018年10月西安市4起幼儿园急性肠胃炎疫情的病原及其基因特征，本研究采集了患者肛拭子，用实时定量PCR检出诺如病毒阳性核酸，对其扩增部分多聚酶区和衣壳区基因并测序。将所得序列上传分型网站以明确基因型，并用软件分析系统进化、重组位点和正选择位点。共检出GII组阳性核酸31份，测序成功25份。4起疫情均由GII.2[P16]型诺如病毒引起。疫情株扩增序列全长、部分多聚酶区和衣壳区的序列与2018年美国流行株（MK773571）的核苷酸同源性分别为99.8%、99.5%和100%。疫情株与GII.2[P16]型中国参考序列（KY421122、KY806296和MG763377）的核苷酸同源性为99.6%，氨基酸同源性为100%。重组位点约在基因组的5 075bp。疫情株基因组的1 613～1 790aa没有正选择位点。及时的流行病学、分子流行病学研究和全基因组测序对控制诺如病毒相关疫情是必要的。

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来源
《病毒学报》 |2022年第3期|613-619|共7页
作者
李焱; 吴瑞; 陈海龙; 张辉; 刘继锋; 冀贞浩; 邓杨妮; 马超锋;
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作者单位

西安市疾病预防控制中心;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类肠道病毒与肝炎病毒;
关键词
诺如病毒; GII.2P16; 肠胃炎; 重组; 选择压力;

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