基于“块-单元”数据结构的分子动力学并行计算

曹小林; 莫则尧; 张景琳; 陈其峰

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基于“块-单元”数据结构的分子动力学并行计算

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开发了一种基于"块-单元"数据结构的可扩展并行算法,以实现大规模、非均匀分子动力学模拟.它采用空间填充曲线将三维区域分解转换为一维负载平衡问题,然后用基于实测的多层均权法求解,以保持处理机间负载均衡.在一个MPP并行机的500个CPU上,模拟包含2 1×108个粒子的三维金属微喷射模型,该算法获得了420倍的加速比.

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来源
《计算物理》 |2004年第5期|377-385|共9页
作者
曹小林; 莫则尧; 张景琳; 陈其峰;
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作者单位

北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心计算物理实验室;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类数值分析;计算机网络;
关键词
数据结构; 可扩展; 并行计算; CPU; 负载均衡; 加速比; 并行算法; 一维; 分子动力学模拟; 求解;

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