分子动力学在小型SMP集群中的并行计算

王亮; 白明泽; 羊金花

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为提高分子动力学的模拟运算效率,在Linux环境下以MPICH技术构建的小型SMP集群系统上,对模拟体系采用改进的原子分解算法进行并行计算。将要模拟的原子平均分配给各个计算节点进行计算,节点间通过MPI进行通信。对进程间的接收和发送进行捆绑操作并采取非阻塞通信取代原有的阻塞通信,从而避免了死锁情况。实验结果表明:优化后的并行算法可以有效地利用计算机资源,提高运算效率,解决了实际测试中出现的死锁问题,在该集群系统上获得3倍以上的加速比。

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来源
《计算机应用》 |2010年第s1期|235-236+240|共2页
作者
王亮; 白明泽; 羊金花;
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作者单位

重庆邮电大学计算机科学与技术学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类并行计算机;
关键词
SMP; 消息传递接口; 并行计算; 分子动力学; 原子分解;

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