共表达网络分析识别心肌分化过程中的关键因子

张艺

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共表达网络分析识别心肌分化过程中的关键因子

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摘要

目的:心脏疾病末期伴随着心肌细胞的大量缺失,心肌细胞直接重编程有助于心肌细胞再生,使心脏功能得以修复。要提高直接重编程的效率,需要更清楚心脏发育过程中相关转录因子的调控机制,发掘关键转录因子。方法:从NCBI的GEO下载心肌发育的单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据GSE76118,对单细胞数据进行预处理后,利用加权基因共表达网络分析算法构建转录因子之间共表达网络,寻找与心肌分化相关的功能聚类模块,之后结合网络拓扑性特征参数筛选关键转录因子,从而组建更高效的转录因子组合,进行实验验证。结果:从共表达网络中发现与心肌相关的功能模块,根据网络拓扑性挖掘到关键的候选因子。结论:构建基因共表达网络的分析方法,有利于发掘关键功能模块、关键节点基因,是探索细胞命运机制的一个高效途径。

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来源
《电子技术与软件工程》 |2019年第4期|P.141-143|共3页
作者
张艺;
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作者单位

[1]北京交通大学计算机与信息技术学院交通数据分析与挖掘北京市重点实验室;

北京市100044;

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原文格式 PDF
正文语种 CHI
中图分类血液循环;
关键词
心肌分化; 共表达网络; 聚类模块; 网络拓扑; 关键因子;

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