基因功能预测的整合算法及其在结核分枝杆菌基因表达谱分析中的应用

龚庆天

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基因功能预测的整合算法及其在结核分枝杆菌基因表达谱分析中的应用

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基因功能预测是后基因组时代生物信息学领域的重要课题.生物学机理的阐释需要准确的基因功能的信息,但目前还缺少大规模测定基因功能的实验手段,这使得运用计算方法对基因功能进行预测显得尤为重要,对这些算法的效率和准确性要求也越来越高.在本项研究中开发了一种新的整合算法,将3种比较典型的基于蛋白质序列预测基因功能的算法GOtcha、PFP和conFunc整合起来,并将其应用于结核分枝杆菌的全基因组功能预测中.预测结果通过不同的角度得到了验证,结果表明该整合方法不仅使得基于序列进行基因功能预测的算法可以达到较高的准确度,而且较原来3种方法大幅度提升了预测的性能.另外,预测结果也被用于分析结核分枝杆菌受到卷曲霉素处理前后的基因表达谱,功能富集分析揭示了卷曲霉素新的可能的抗菌作用机制,从而显示出基因功能预测重要的潜在应用价值.

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来源
《复旦学报：自然科学版》 |2015年第1期|67-78|共12页
作者
龚庆天;
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作者单位

复旦大学生物统计学与计算生物学系;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类 Q332;
关键词
基因功能预测; 序列分析; 整合方法; 结核分枝杆菌; 功能富集分析;

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