影响H5N1甲型流感病毒对哺乳动物毒力变异的HA序列关键位点研究

许慧琳; 张文彤; 赵耐青; 姜庆五

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目的筛选影响H5N1亚型甲型流感病毒对哺乳动物毒力变异的HA序列主要氨基酸位点.方法根据相关文献提供的实验结果,将54株H5N1病毒株按其对哺乳动物的毒力强弱分为高毒力组和低毒力组,在NCBI Genbank数据库中下载HA基因序列,用随机森林模型完成主要变异氨基酸位点的筛选.结果在HA序列中共筛选出8个关键位点,均位于HA1节段,分别为:279、102、228、156、154、172、140、8.位点154和156与其余几个关键位点间、位点140与172间均存在较强的协同交互作用,用上述关键位点重建的随机森林模型对病毒株毒力分类的准确率为83.33%.结论所筛选出的8个变异位点可能在决定H5N1病毒毒力上起关键作用,值得对其分子生物学作用机理做深入研究.

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来源
《复旦学报（医学版）》 |2006年第5期|642-646|共5页
作者
许慧琳; 张文彤; 赵耐青; 姜庆五;
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作者单位

复旦大学公共卫生学院卫生统计与社会医学教研室,上海,200032;

复旦大学公共卫生学院卫生统计与社会医学教研室,上海,200032;

复旦大学公共卫生学院卫生统计与社会医学教研室,上海,200032;

复旦大学公共卫生学院流行病学教研室,上海,200032;

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正文语种 chi
中图分类流行性感冒;
关键词
H5N1; 甲型流感病毒; 毒力变异; 血凝素; 随机森林模型;

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