基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析

林发壮; 李锦烨; 安慧珍; 黄琦; 姚凤琴; 钟琳珊; 陈昌铭; 郭芸玮

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基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析

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为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘.结果表明:通过M ISA软件从60563条unigenes检测出14928个SSR位点,分布于11932条unigenes中,出现频率为24.65％,平均分布距离为3.43 kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44％、21.54％和14.06％.14928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31％、18.13％和6.93％.利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9535对,成功率为63.87％.非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据.

著录项

来源
《福建农业科技》 |2020年第11期|1-6|共6页
作者
林发壮; 李锦烨; 安慧珍; 黄琦; 姚凤琴; 钟琳珊; 陈昌铭; 郭芸玮;
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作者单位

三明市农业科学研究院福建三明 365509;

三明市林木种苗站福建三明 365000;

厦门市农业技术推广中心福建厦门 361009;

三明市林木种苗站福建三明 365000;

三明市农业科学研究院福建三明 365509;

三明市农业科学研究院福建三明 365509;

三明市农业科学研究院福建三明 365509;

三明市农业科学研究院福建三明 365509;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类宿根花卉类;
关键词
非洲菊; 转录组; SSR引物; 位点信息;

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