暗紫贝母中法呢基焦磷酸合酶的生物信息学分析

许勇; 李静; 蔡标; 王红萍; 戴陈伟; 王娟

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暗紫贝母中法呢基焦磷酸合酶的生物信息学分析

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以暗紫贝母的法呢基焦磷酸合酶氨基酸序列为研究对象,利用CD search、ProtParam和SignalP等13种在线预测软件对其保守区域、理化性质、亚细胞定位、亲疏水性、二级结构、三级结构等性质进行分析.结果发现,该酶由352个氨基酸残基组成,是一种不含信号肽不跨膜、定位于线粒体基质的可溶性亲水蛋白,具有典型的类异戊二烯合成酶超家族结构域.其二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成.三级结构以PDB ID 4kk2.1为模板建模,包含两个聚异戊烯合酶位点,200 Lys为其结合配体Mg2+的结合位点,活性区域由55个氨基酸残基构成,面积和体积分别为1215.670?2和1496.051?3.生物信息学手段分析预测结果揭示了暗紫贝母中法呢基焦磷酸合酶的性质、结构和功能,为进一步研究贝母活性生物碱的生物合成调控机制奠定理论基础.

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来源
《河南科学》 |2018年第7期|1049-1055|共7页
作者
许勇; 李静; 蔡标; 王红萍; 戴陈伟; 王娟;
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作者单位

安徽省医学科学研究院微生物研究所,合肥 230061;

安徽省医学科学研究院微生物研究所,合肥 230061;

安徽省医学科学研究院微生物研究所,合肥 230061;

安徽省医学科学研究院微生物研究所,合肥 230061;

安徽省医学科学研究院微生物研究所,合肥 230061;

安徽省医学科学研究院微生物研究所,合肥 230061;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类生物信息、生物控制;
关键词
暗紫贝母; 法呢基焦磷酸合酶; 生物碱; 生物信息学;

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