基于转录组测序方斑东风螺LPS刺激的免疫机制研究

陈宗发; 洪雨洁; 赵明明; 王菁; 王忠良

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基于转录组测序方斑东风螺LPS刺激的免疫机制研究

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[目的]进一步挖掘方斑东风螺(Babylonia areolata)免疫系统中参与响应脂多糖刺激的重要功能基因与通路。[方法]采用Illumina HiSeqTM 2000高通量测序平台对不同处理条件的方斑东风螺进行测序分析。所得的原始数据经质控、组装后分别比对到KOG、Nr、Swiss-Prot和KEGG数据库进行功能注释,筛选差异表达基因并进行聚类分析。[结果]GO功能注释结果显示,多数unigenes被注释到代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)。KEGG注释结果显示,多数差异表达基因集中于代谢通路(Metabolic pathways)(28.3%)、次生代谢物的生物合成(Biosynthesis of secondary metabolites)(8.69%)、核糖体(Ribosome)(7.47%)和内吞作用(Endocytosis)(5.84%)。对比对照组,试验组中LPS刺激后4 h组具有9096个差异表达基因,8 h组具有10335个差异表达基因,而4 h组和8 h组间则存在8756个差异表达基因,通过KEGG数据库对DEGs进行注释和功能富集,关注到的显著通路包括NOD样受体信号通路、趋化因子信号通路等。[结论]暗示脂多糖调节方斑东风螺的抗病能力通过许多通路,是一个复杂的过程,可为进一步研究方斑东风螺的免疫响应机制研究提供理论数据。

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来源
《安徽农业科学》 |2023年第4期|85-91|共7页
作者
陈宗发; 洪雨洁; 赵明明; 王菁; 王忠良;
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作者单位

广东海洋大学水产学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类水产动物学;
关键词
方斑东方螺; 转录组; 脂多糖; 免疫通路;

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