西瓜半胱氨酸蛋白酶基因ClCP1克隆及其生物信息学分析

阳永学; 程维舜; 曾红霞; 张娜; 施先锋; 孙玉宏

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西瓜半胱氨酸蛋白酶基因ClCP1克隆及其生物信息学分析

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[目的]克隆西瓜半胱氨酸蛋白酶基因ClCP1,并对其进行生物信息学分析.[方法]以西瓜花蕾cDNA为模板,借助西瓜全基因组数据库,采用RT-PCR方法对西瓜半胱氨酸蛋白酶基因进行克隆并进行生物信息学分析.[结果]克隆得到一个开放阅读框长度为960bp的序列,命名为ClCP1.该基因编码319个氨基酸.ClCP1基因的保守结构域分析结果表明,ClCP1属于木瓜蛋白酶家族基因,与已知其他植物半胱氨酸蛋白酶在氨基酸序列上有56％～ 85％的相似性.聚类分析结果显示,ClCP1与同为葫芦科的黄瓜CP基因亲缘关系较近.[结论] ClCP1属于西瓜木瓜蛋白酶家族新基因,为进一步研究西瓜半胱氨酸蛋白酶基因ClCP1的表达和功能奠定了基础.

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来源
《安徽农业科学》 |2013年第28期|11286-1128811319|共4页
作者
阳永学; 程维舜; 曾红霞; 张娜; 施先锋; 孙玉宏;
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作者单位

武汉市农业科学研究所;

湖北武汉430345;

武汉市农业科学研究所;

湖北武汉430345;

武汉市农业科学研究所;

湖北武汉430345;

武汉市农业科学研究所;

湖北武汉430345;

武汉市农业科学研究所;

湖北武汉430345;

武汉市农业科学研究所;

湖北武汉430345;

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正文语种 chi
中图分类西瓜;
关键词
西瓜; ClCP1; 基因克隆; 生物信息学;

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