胶质母细胞瘤中差异甲基化增强子区域调控的蛋白编码基因识别研究

赵潇潇; 于秋红; 嵇江淮; 王世佳; 王仁东; 李冬果

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胶质母细胞瘤中差异甲基化增强子区域调控的蛋白编码基因识别研究

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目的通过对胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的DNA甲基化数据和表达数据进行整合和分析,识别表达水平可能受差异甲基化增强子区域(differential methylation enhancer regions,DMERs)调控的蛋白编码基因(protein-coding genes,PCGs),预测其中受DMERs调控的PCGs在GBM中执行的功能,挖掘潜在的GBM预后相关的生物标志物。方法基于公共疾病数据库中的甲基化数据和表达数据,运用一种计算策略构建全基因组增强子区域,筛选GBM中DMERs,识别表达可能受DMERs调控的PCGs并对其进行富集分析。基于患者的临床信息与对应样本的表达数据,对鉴别出的PCGs进行Kaplan-Meier预后分析。结果筛选出16287个DMERs,本研究鉴别出795对DMER-PCGs,其中包含有593个低甲基化增强子区域,82个高甲基化增强子区域和642个PCGs,挖掘出45个与GBM整体存活相关的PCGs。结论本研究进一步加深了对GBM中增强子甲基化调控模式的理解,并为开发用于GBM诊疗的新型生物标志物和靶标提供帮助。

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来源
《首都医科大学学报》 |2022年第1期|113-119|共7页
作者
赵潇潇; 于秋红; 嵇江淮; 王世佳; 王仁东; 李冬果;
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作者单位

首都医科大学生物医学工程学院;

北京100069;

首都医科大学临床生物力学基础研究北京市重点实验室;

北京100069;

首都医科大学附属北京天坛医院高压氧科;

北京100070;

浙江肿瘤医院放射物理科;

杭州310022;

浙江省放射肿瘤学重点实验室;

杭州310022;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类颅内肿瘤及脑肿瘤;
关键词
多形性胶质母细胞瘤; DNA甲基化; 增强子区域; 表观遗传调控; 风险标志物;

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