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hsa-miR-138的生物信息学分析及分子调控通路预测

         
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目的 对hsa-miR-138进行靶基因、功能富集分析(GO分析)、信号通路富集分析及转录因子预测等生物信息学分析,为后续深入研究hsa-miR-138功能提供实验验证的理论基础.方法 通过UCSC基因组浏览器、TargetScan、starbase、DAVID及KEGG公共数据库、Chipbase等在线工具分析hsa-miR-138序列,预测hsa-miR-138-1的靶基因,对预测的靶基因进行GO分析和信号通路富集分析,预测hsa-miR-138的可能转录调控因子.结果 hsa-miR-138序列在各物种间具有高度保守性.通过对目前文献的检索,发现hsa-miR-138-1的靶基因中既有抑癌基因,也有癌基因.GO分析发现hsa-miR-138-1靶基因主要富集在转录调控、转录、RNA代谢过程的调节、基因表达、生物大分子的合成等方面(P＜0.01),KEGG通路分析提示相关信号通路主要涉及癌症通路、轴突导向、细胞内噬作用、Wnt信号转导、神经营养因子信号转导等重要生理病理过程.应用Chipbase预测出hsa-miR-138的19个调控转录因子.结论 hsa-miR-138可能参与多种重要的生物学过程,并作为双向调节因子调控肿瘤的生物学行为.

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