肇实转录组测序及生物信息学分析

王继华; 黎俊荣; 蔡时可; 邓沛飞; 钟春燕; 刘晓津

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肇实转录组测序及生物信息学分析

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目的:利用高通量测序技术分析肇实转录组信息。方法:采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对肇实植株的叶片和叶柄进行混合转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释和遗传标记开发。结果:通过测序和分析,共得到54 088 858个原始Reads,总长8 113 328 700 bp,经过滤、除杂后得到52 831 334个Clean Reads,总长7 285 427 215 bp。肇实转录组中GC含量49.71%,通过de novo组装并去冗余,获得190 889个Unigenes,N50为541 bp。与九大功能数据库比对和分析,共有89 555条约46.91%的Unigenes获得信息注释,其中3 288条基因在9个数据库中均能注释。在GO功能注释分为3大类,分别为20、26、22亚类（共68个亚类）;在KEGG数据库中共发现216条代谢通路;KOG中按功能分为25个子类,获得49 976个功能注释信息。共检测到55类、24 917个植物转录因子;根据组装结果,共检测到44 584个SNP位点,7 386个InDel。结论:肇实转录组数据量大,遗传信息丰富,本研究可为深入解析肇实遗传背景、开展其功能基因组分析、分子标记开发、代谢组学研究提供参考,为肇实的综合利用与保护打下基础。

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来源
《中药材》 |2019年第11期|2513-2518|共6页
作者
王继华; 黎俊荣; 蔡时可; 邓沛飞; 钟春燕; 刘晓津;
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作者单位

1. 广东省农业科学院作物研究所 2. 肇庆市农业科学研究所;

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正文语种 chi
中图分类 S567.219;
关键词
肇实; 转录组分析; 基因注释; EST-SSR;

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