基于茎区组合的RNA二级结构预测算法

骆嘉伟; 陈涛

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RNA二级结构预测是生物信息学的研究热点和难点,特别是对于含假结的RNA二级结构的预测,已经被证明是NP问题.根据RNA折叠的特点,提出了一种基于茎区组合的智能优化算法来预测RNA的二级结构.该算法以RNA的茎区为基本单元,结合图论思想,通过二元关系的基本理论,依据自由能最小原则获取茎区的最优组合.该算法的时间复杂度为O(n3),空间复杂度为O(n2),而且可以发现假结.实验结果证明了算法的有效性.

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来源
《计算机应用》 |2010年第6期|1694-1697|共4页
作者
骆嘉伟; 陈涛;
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作者单位

湖南大学计算机与通信学院;

长沙;

410082;

湖南大学计算机与通信学院;

长沙;

410082;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类算法理论;
关键词
RNA二级结构; 茎区; 假结; 拟序集; 极大链;

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