基于深腾1800机群系统的分子动力学并行仿真研究

郭晓光; 郭东明; 康仁科; 金洙吉

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基于深腾1800机群系统的分子动力学并行仿真研究

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介绍了分子动力学并行仿真计算的软硬件环境,分析了现有的几种并行算法,确定采用区域分解法作为并行算法,并在此基础上提出了基于区域二次划分的分子动力学并行仿真算法.另外,阐述了原子链、原子近邻表和原子亲属表的概念,提出了基于永久序号的消息传递策略.最后,设计了分子动力学并行仿真程序,并分别在1、2、3、4台结点机上进行了实验,运行结果表明:加速比随着结点数的增加而增加,并行效率虽略有下降但都在87.5%以上,并行效率并没有随着结点数的增加有明显的降低,说明并行程序具有很好的扩展性.

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来源
《大连理工大学学报》 |2007年第6期|818-822|共5页
作者
郭晓光; 郭东明; 康仁科; 金洙吉;
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作者单位

大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024;

大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024;

大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024;

大连理工大学,精密与特种加工教育部重点实验室,辽宁,大连,116024;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类磨削原理与计算;程序设计;
关键词
分子动力学仿真; 并行算法; 区域分解法;

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