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不同DNA条形码基因在帘蛤目贝类分类鉴定中的比较分析

         

摘要

DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究.为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从GenBank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证.结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S rRNA能够鉴定60.9%,18S rRNA鉴定16.7%,而28S rRNA无法有效鉴定;多数种COI和16S rRNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S rRNA和28S rRNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S rRNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S rRNA和28S rRNA呈现的聚类关系相对混乱.相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S rRNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S rRNA和28S rRNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因.研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料.

著录项

  • 来源
    《中国水产科学》 |2018年第4期|880-890|共11页
  • 作者单位

    中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;

    海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;

    中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;

    水产科学国家级实验教学示范中心, 上海海洋大学, 上海 201306;

    中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;

    水产科学国家级实验教学示范中心, 上海海洋大学, 上海 201306;

    中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;

    海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;

    中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;

    海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;

    烟台市水产研究所, 山东 烟台 264000;

    中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;

    海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;

    中国水产科学研究院黄海水产研究所, 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 山东 青岛 266071;

    海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 水产生物学;
  • 关键词

    DNA条形码; 帘蛤目; 比较分析; 有效性;

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