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黄瓜花叶病毒西番莲分离物RNA3 的cDNA全长克隆和序列分析

         

摘要

采用RT-PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物(CMV-PE)全长RNA3.经核苷酸序列测定,明确PE分离物 RNA3全长2216 nt,含有2个开放阅读框(ORF),其中5'端的ORF(121-963 nt)编码279 aa的3a蛋白,3'端ORF(1260-1916 nt )编码218 aa的CP蛋白.5'端非编码区(NR)长120 nt,基因间隔区(IR)长296 nt,3'端NR区含301个碱基.PE分离物编码的3a蛋白中最明显的特征是在136-141位有一个独特的VWCLSS区域.将CMV-PE的RNA3的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列与同属CMV亚组I的其它分离物进行比较,发现症状相似的CMV分离物的非编码区具有很高的序列同源性,说明非编码区序列与症状有关.

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