序列分析

摘要： 为进一步了解番鸭细小病毒(MDPV)基因的遗传变异特征,本试验采用分段PCR扩增法获得了2个MDPV安徽分离株(AH1901和AH1902)基因组NS和VP全长基因,并与GenBank数据库中的20个水禽细小病毒基因组序列进行了比对。序列分析显示,克隆的MDPV基因均包括完整的NS和VP基因,分别为1884 bp和2199 bp,VP基因核苷酸序列变异程度相对较高,而NS基因则较为保守;进化分析显示,安徽分离株AH1901和AH1902位于同一分支,二者与国内分离的MDPV毒株ZJ-JH-2013基因遗传距离最近,可能来源于同一毒株,与MDPV疫苗株P1及国外分离毒株FM基因遗传距离则较远;安徽分离株AH1901和AH1902的NS基因序列同源性为99.8%,VP基因序列一致。两者的NS、VP基因序列与分离株ZJ-JH-2013的同源性最高,与重组型毒株SAAS-SHNH及安徽分离株AH1401同源性也在99.5%以上;与疫苗株P1、国外分离株FM同源性则较低,其中VP基因仅为88.9%、89.3%。本试验结果表明近年国内的MDPV分离株同源性均较高,但仍存在一定程度的基因变异,增加了诊断与防控该病的难度。

摘要： 本研究旨在了解我国鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)流行毒株的分子特性。对1株分离自国内养殖场的鸡传染性喉气管炎病毒毒株BT株进行了部分基因序列(TK、ICP4、gB、UL32)测定分析,并研究了其对2周龄SPF鸡的致病性。遗传进化分析表明,BT株核苷酸序列与国内其他流行毒株相似性在97%以上,属于同一进化分支,未出现较大变异。但其与美国强毒株1874C5和国内标准株WG株等毒株差异较大,主要集中于ICP4基因,在87—90位存在4个氨基酸的缺失(AAQD),该缺失在国内其他分离株中也存在。862—868位存在6个氨基酸的缺失(QPQEPQ),与K317、Serva、Laeyngo和LTBlen等弱毒疫苗株保持一致。将该毒株喉气管内回归接种,未观察到任何鸡死亡,仅有少部分鸡出现结膜分泌物,剖检显示喉头气管正常。提示国内ILTV流行株以较温和的形式在鸡群中流行,并呈现出独特的基因特征。

摘要： 【目的】铜锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)在保护细胞和组织免受氧化损伤方面起重要作用。对滨海植物草海桐盐胁迫诱导的Cu/Zn-SOD进行克隆和序列分析,为揭示草海桐适应盐碱环境提供理论依据。【方法】以盐胁迫的草海桐为材料,运用RACE技术克隆草海桐Cu/Zn-SOD,命名为SsCSD,采用生物信息学方法进行序列分析,构建pBinGlyRed-SsCSD重组质粒。【结果】通过RACE技术获得SsCSD基因全长共1148 bp,其最大开放阅读框(ORF)为687 bp,编码228个氨基酸。氨基酸保守结构域分析表明,该序列具有铜锌超氧化物歧化酶保守结构域,属于SOD家族。生物信息学分析表明其定位于叶绿体中,氨基酸序列分析显示其与已知植物叶绿体Cu/Zn-SOD的氨基酸残基高度同源。同时将SsCSD基因与植物表达载体pBinGlyRed进行重组,并成功转入农杆菌GV3101中。【结论】草海桐铜锌超氧化物歧化酶氨基酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守,对进一步通过转基因验证该酶生物学功能具有重要意义。

摘要： 本研究旨在了解林芝市牦牛源微小扇头蜱遗传进化情况及PCR鉴定方法准确性。本次试验通过采集林芝市牦牛源体外蜱虫,先利用其形态学特征筛选出微小扇头蜱;再利用分子生物学方法对微小扇头蜱中的线粒体12SrDNA基因进行PCR扩增,并将其PCR产物进行克隆,提取质粒送至公司测序;并对测序结果进行序列分析。经序列分析结果显示,林芝源微小扇头蜱12SrDNA与澳大利亚提交序列(EU921767.1),以色列提交序列(KF219718.1)同源性高达97.1%~97.5%,且在同一分支。本次试验对西藏林芝市牦牛源微小扇头蜱进行分子水平的鉴定及遗传进化的研究,对西藏林芝市牦牛源微小扇头蜱的分布情况进行深入了解,为后续西藏对相关方面深入研究提供理论基础和数据支撑。

摘要： 【目的】STOP1是植物耐铝毒的重要基因,为探明葡萄STOP1基因的结构特征及其表达量与其耐铝性的关系。【方法】以耐铝性弱的山葡萄(Vitis amurensis)和耐铝性强的小叶葡萄(V.sinocinerea)的叶片cDNA为模板,采用PCR和TA克隆技术获得VaSTOP1和VsSTOP1两基因序列,对其进行生物信息学分析和铝胁迫下的表达分析,并测定铝胁迫下的膜脂过氧化指标,对2个种STOP1基因的表达和膜脂过氧化物质的变化与耐铝性的关系进行比较。【结果】克隆获得的VaSTOP1和VsSTOP1基因序列长度分别为1782和1800 bp,分别编码594和600个氨基酸,相对分子量分别为67.03和67.48 kD,理论等电点为5.21和6.42;二者的二级结构中均有无规则卷曲>α-螺旋>折叠延伸链的规律,由α-螺旋、β-折叠片、β-转角和锌指结构等组成三级空间结构;进化树研究得出,VaSTOP1与VsSTOP1的同源性高达96%,二者与CcSTOP1、PnSTOP1、NtSTOP1、ErSTOP1的同源性均在80%以上。VaSTOP1基因表达量在铝胁迫28 d内呈先上升后下降的规律,较早出现峰值,而VsSTOP1基因表达量则稳定上升,这与二者的膜脂过氧化物质的变化规律基本一致。【结论】葡萄的耐铝性与其STOP1基因的表达量呈正相关,研究为进一步探明葡萄耐铝毒的分子调控机制提供了基因资源。

摘要： 克隆尼罗罗非鱼E-钙黏着蛋白(On-ECdh)基因,分析On-ECdh基因生物信息学特征及其在正常和无乳链球菌刺激后的尼罗罗非鱼组织中的表达情况。设计基因特异引物扩增On-ECdh基因片段,采用生物信息学对其序列进行分析,利用荧光定量PCR技术检测On-ECdh基因的表达模式。On-ECdh基因开放阅读框为2442 bp,编码813个氨基酸。On-ECdh理论分子质量为89.9 ku,等电点为4.81。On-ECdh基因推导氨基酸含有1个钙黏着蛋白前结构域、4个钙黏着蛋白重复样结构域、1个钙黏着蛋白细胞质结构域和1个跨膜结构域。On-ECdh与伯氏朴丽鱼E-钙黏着蛋白的氨基酸序列相似性最高,达79.04%,与其他鱼类、哺乳动物的相似性分别为42.44%~52.59%和37.12%~44.62%。荧光定量PCR分析表明,On-ECdh基因在健康的尼罗罗非鱼各组织中均有分布,在肝组织中的相对表达量最高,其次为鳃、肠道、胃、眼、肌肉、脾脏、脑、心脏、头肾。经无乳链球菌刺激后,On-ECdh基因相对表达量在头肾、眼和肠道中显著上调,而在胃、鳃和肝脏中呈下调趋势。眼、头肾和肠道中相对表达量分别在刺激1、3、12 h后达到最高峰,并在高峰后呈现回落趋势。胃、肝脏和鳃中的相对表达量分别在1、3、24 h时最低,胃和鳃中的相对表达量随时间呈现波浪型变化,肝脏中的则持续降低。试验结果表明,无乳链球菌可诱导On-ECdh基因表达,表明E-钙黏着蛋白可能在尼罗罗非鱼感染无乳链球菌时发挥一定的防御作用。

摘要： 拟除虫菊酯类药剂的作用靶标为昆虫钠离子通道Na_(v),为了探明豆大蓟马(Megalurothrips usitatus)钠离子通道基因(MuNa_(v))的特性,本研究采用PCR技术克隆得到MuNa_(v)序列(序列号MZ043856),该基因全长6279 bp,编码2093 aa,具有4个同源结构域,每个同源结构域含6个跨膜片段。同源比对发现,豆大蓟马与棕榈蓟马(Thrips palmi)Na_(v)序列相似度高达94.88%,表明它们具有较近的亲缘关系。

摘要： 为了确定霉变棉织物上霉变微生物的种类,文章采用PDA培养基划线分离纯化,从霉变棉织物上得到5种霉菌,然后采用真菌形态学和显微形态学进行了初步鉴定。结果表明,引起棉织物霉变的微生物主要为曲霉属霉菌、青霉属霉菌和根霉属霉菌,其中曲霉属占比60%,为棉织物致霉的优势菌属。通过对纯化后的霉菌进行18S rDNA-ITS序列分析,并在NCBI核酸序列数据库里比较序列同源性,鉴定为5个种,分别为谢瓦式曲霉、指状青霉、聚曲多霉、米根霉和黑曲霉。文章利用形态学方法结合ITS序列分析鉴定霉菌种类,使得获取结果更加快速和精准,为纺织品防霉基础研究与抗霉材料研发提供参考。

摘要： 本研究以收集自贵州省(贵州大学农学院M-01~M-07、都匀市M-08、凯里市M-09和福泉市M-11)和湖北省宜昌市(M-10)的11份蜜环菌种质为研究对象,提取其基因组DNA,采用通用引物ITS4/ITS5对核糖体转录间隔区(rDNA-ITS)进行扩增,利用DNAMAN软件对11份蜜环菌种质进行构建同源树并分析其序列特征,采用MEGA软件最近邻距法进行系统发育分析及遗传距离的计算。结果表明,11份蜜环菌种质可分为两个大类4个亚类,第Ⅰ-Ⅰ类包括M-01、M-02、M-04、M-05和M-08-M-10,第Ⅰ-Ⅱ类为M-03,第Ⅱ-Ⅰ类包括M-06和M-07,第Ⅱ-Ⅱ类为M-11,具有较强的同源性(93%);两个大类样品的特征序列均位于ITS1和ITS2区表现为碱基的转换或颠换;共有序列的相似度为88.71%在ITS区存在丰富的变异表现为碱基的转换、颠换和缺失,第Ⅰ类的GC含量(44.2%)高于第Ⅱ类(42.6%);种内遗传距离均为0,第Ⅰ-Ⅱ类和第Ⅱ-Ⅱ类的种间遗传距离最小(0.002),第Ⅱ-Ⅰ类和第Ⅱ-Ⅱ类的种间遗传距离最大(0.035);经NCBI数据库BLAST对比及系统发育分析这4个亚类的样品均不能与下载的蜜环菌归为一支。因此,11份密环菌种质可能是一个较为庞大的复合群,采用通用引物ITS4/ITS5扩增的核糖体基因可以对此类蜜环菌进行分类但不适合作为鉴定的持家基因。

摘要： 采集广西25个猪场的病料,对猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性组织样品进行全S基因扩增。将41株全S基因进行序列比对及遗传进化分析,41株PEDV的S基因之间核苷酸同源性为94.8%~100%,与参考毒株核苷酸同源性为89.3%~99.4%。S基因进化树图谱显示,广西当前流行的PEDV可分为2个谱系。Attenuated-DR13、CV777和该研究中的CHGXLC055-92013、CHGXLC055-52013、CHGXGP035-72013和CHGXGP035-82013为Cluster1;Cluster3包括该研究另外37株毒株、韩国株Spk1、HuN和日本株NK等参考毒株。表明广西大部分毒株S基因与欧洲株CV777、LZC等国内早期毒株存在较大的差异,进化树亲缘关系比较远;在抗原表位区域存在较大变异,当前的CV777疫苗株在防控PEDV入侵时可能不会产生良好的免疫保护效果。

摘要： 本实验以景宁木兰(Magnolia sinostellata)嫩叶为实验材料,根据转录组数据库中AP1(APETALA1)基因的保守序列信息,通过PCR方法克隆景宁木兰AP1基因,将其命名为MsAP1,运用在线生物信息学分析工具对MsAP1进行序列分析.结果表明:MsAP1基因全长1080bp,开放阅读框(ORF)为729bp,编码242个氨基酸.通过ProtParam ExPASy在线软件分析景宁木兰AP1蛋白质分子式为C1226H1984N364O376S10,分子量28160.05Da,理论等电点PI值为8.95.不稳定指数为61.21,属于不稳定蛋白质.蛋白氨基酸序列比对和系统发育进化分析结果表明MsAP1与同一科属植物的同源性最高,与红花玉兰(Magnolia wufengensis)、广玉兰(Magnolia grandiflora)、皱叶木兰(Magnolia praecocissima)分别达到100％、99％、93％;氨基酸序列保守性分析发现,第90～171个氨基酸为MADS-box基因家族特有的K-box区域,表明该片段为AP1基因.MsAP1基因的克隆与序列分析对于进一步了解景宁木兰成花机理具有重要意义.

摘要： 根据GenBank公布的CSFV标准参考毒株全基因组序列,设计11对引物,应用RT-PCR方法分别对11个片段进行扩增福建流行毒株CN-FJLY的全基因组,与参考毒株进行序列分析比较.结果表明福建流行毒株CN-FJLY基因组全长为12296bp,与参考毒株SXCDK、HEBZ、GXWZ02、HNLY-2011和Zj0801的全基因组核苷酸同源性为93.0％～97.0％,而与1.1亚群的中国强毒Shimen、疫苗株HCLV全基因组核苷酸同源性为84.4％～85.3％.基于全基因组及E2基因构建的遗传进化树分析结果表明福建流行毒株CN-FJLY属于2.1b亚群,与Shimen株、HCLV疫苗株亲缘关系较远.与HCLV相比较CN-FJLY基因组变异较大的是5'UTR、E-、E2、P7、NS2、NS5A、NS5B和3'UTR.综上表明福建省猪瘟流行毒株正在向远离疫苗株的方向变异.

摘要： 为研究广东新型呼肠孤病毒(NDRV)的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因系统进化进行比对分析.结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列相似性很高,达96.6％～99.5％,而与禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性则较低,分别为64.6％～66.5％和66.2％～67.1％;8株NDRV之间的核苷酸序列相似性高达97.7％～99.7％.与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他NDRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支.结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的NDRV没有明显的地域差异.

摘要： 目的:从猪流感疑似病例中分离鉴定猪流感病毒,并对病毒进行全基因组测序及其序列的分析. 方法:采用鼻棉拭子法从猪流感疑似病猪的鼻中收集病样,制成病毒悬液,经SPF鸡胚增殖培养和纯化.采用红细胞凝集、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验进行病毒亚型的判定,并作电镜观察.运用RT-PCR法扩增病毒的8个基因片段,分别克隆到pMD18-T载体,进行全基因组测序及序列分析. 结果与结论:获得一株猪流感病毒,经血凝和血凝抑制试验,判定为H3N2亚型,命名为A/Swine/Chongqing/CQ/3/2011(H3N2),简称SIV CQ3.基因组序列比较分析显示,SIV CQ38个节段与不同时间的猪流感广东分离株(H3N2亚型)相应基因的核苷酸相似性最高,可能来源于H3N2亚型SIV.然而,NP、HA和NA基因编码氨基酸序列与参考毒株A/New York/392/2004(H3N2)的相似性比较低,分别达95％、89％和90％;而血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为P-E-K-Q-T-R↓G,与参考毒株的一致,不具有高致病分子特征.此外,HA和NA的糖基化位点、受体结合位点处氨基酸存在一定程度的差异.最后,系统进化树分析显示,NP、HA基因位于SIV群,与A/swine/Guangdong/2006/(H3N2)处于同一分支;而NA基因与禽流感(A/Duck/Ontario/2000/AJ697881)和猪流感位于同一个进化单元,表明这株H3N2亚型流感病毒在不断的发生演变.

摘要： 为了解广东省猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)野毒株的基因变异及遗传演化的情况,本试验对广东佛山疑似暴发伪狂犬病的猪场采集的病料(脑、肺脏、扁桃体、肝脏、脾脏)进行了PCR鉴定,初步鉴定为PRV毒株后,将阳性病料接种非洲绿猴肾细胞(Vero),进行毒株传代培养,对分离毒株进行PCR检测及小鼠感染试验,证实该病毒为PRV,并命名为PRV FS-2015株;并对该毒株进行细胞病变观察、病毒TCID50测定、毒株TK基因扩增及序列分析,结果显示,测定PRV FS-2015株TCID50为10-75/0.1mL.PRV FS-2015株的TK基因序列与国内外PRV参考毒株进行同源性比对分析发现,其核酸同源性为99.4％～100.0％,氨基酸同源性为99.1％～100.0％.遗传进化分析表明,PRV FS-2015株与国内近几年分离的PRV变异株属于同一分支,同源性较高,亲缘关系更近;与PRV经典株的同源性较低,基因变异较大,表明PRV FS-2015毒株属于近几年流行的变异株.本研究结果可为广东省伪狂犬病的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据.

摘要： 目的：对一例仔猪腹泻进行病原诊断,首次在广西检出猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type3,PCV3),对其衣壳蛋白基因(Cap)的序列测定和分析,为PCV3在广西猪群中的致病性,流行病学和预防控制措施提供参考资料. 方法：应用RT-PCR/PCR方法对广西某猪场发病猪的病料进行猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGE)、猪流行性腹泻(PEDV)以及PCV2、PCV3的检测.对广西PCV3毒株的Cap进行PCR扩增和测序,分析获得序列与PCV的同源性,构建PCV3的遗传进化树. 结果：RT-PCR/PCR的检测结果显示,检测到PCV3的感染.对PCR扩增获得的Cap序列与18株PCV3的Cap序列同源性比较的结果表明,它们的同源性在96.9％～99.5％之间;而与PCV1毒株和PCV2毒株的Cap序列的同源性分别只有43％和45.8％.PCV3的Cap序列构建遗传进化树结果显示,其属于PCV3的3b亚群. 结论：首次发现在广西猪群中存在PCV3的感染,其与国内外报道的PCV3毒株的遗传关系较近.

摘要： 禽白血病(Avian leukosis,AL)是由隶属反转录病毒科肿瘤病毒属的禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)引起的禽类多种传染性肿瘤病,是危害养禽业发展的主要传染病之一.该病的种类繁多,大部分侵害禽类造血器官,少数破坏其他组织,其中以淋巴细胞白血病最为常见.ALV基因组由env、gag和pol3种基因组成,其中env基因被证实与抗原性、毒力和组织亲嗜性有关,具有亚群特异性.为了解ALV贵州流行株的env基因分子特征,研究env基因的变异规律,本试验通过克隆测序获得ALV贵州流行株env基因序列,并进行核苷酸序列同源性和系统进化分析,明确贵州省禽白血病病原遗传变异情况.

摘要： 本研究从一头进口病死猪病料中分离得到1株革兰氏阳性球菌,通过对其进行细菌形态学、培养特性、生化特性和分子生物学鉴定,确认分离得到的菌株为绿色气球菌.16S rRNA基因序列分析显示:该分离菌株与已知的绿色气球菌相应序列的同源性为100％;药敏试验显示分离株对β-内酰胺类抗生素有较好的敏感性.

摘要： 为研究IGF-I基因对藏猪、雅南猪生长发育的影响,以GenBank中猪IGF-I基因序列(登录号:DQ121132)设计引物,提取藏猪、雅南猪肝脏组织总RNA,应用RT-PCR技术从藏猪和雅南猪肝脏克隆出IGF-I基因,分别将藏猪、雅南猪IGF-I基因克隆到PMD19-T载体上,构建重组质粒pMD19-T-IGF-I,经PCR鉴定、测序及分析得该基因大小为612bp,包含一个完整的ORF,该ORF共有462核苷酸,编码153个氨基酸;所测得的藏猪和雅南猪基因序列与Muller等报道的猪IGF-I基因编码序列高度同源,比对序列发现,藏猪的同源性为100％,雅南猪的为99.61％;藏猪IGF-I与雅南猪IGF-I基因序列的同源性为99.61％;雅南猪在258bp处发生A-G突变,但其编码的氨基酸未发生改变.

摘要： 采用K-B纸片扩散法对61株禽沙门氏菌分离株进行了药敏试验,结果显示所分离的禽沙门氏菌对青霉素、苯唑西林、利福平和万古霉素的耐药率均达到了100％,但对美福仙、诺氟沙星、阿米卡星、卡那霉素、氯霉素、氟苯尼考有较好的敏感性.96.72％沙门氏菌对6种及其以上抗菌药耐药,说明沙门氏菌的多重耐药性比例高.通过PCR方法对59株多重耐药沙氏菌Ⅰ类整合子的5'-CS端、3'-CS端和可变区进行扩增,检测出含基因盒的Ⅰ类整合子的禽沙门氏菌5株(8.5％),其中鸡白痢病沙门氏菌4株,肠炎沙门氏菌1株.序列分析显示核苷酸同源性达到100％,通过NCBI BLAST分析,Ⅰ类整合子的基因盒均含有dfr17和aadA5基因,表明这几株多重耐药沙门氏菌可以耐受磺胺甲基异恶哇、链霉素和甲氧芐氨嘧啶的选择压力.因此,沙门氏菌的多重耐药性比例高,但这些沙门氏菌分离株的多重耐药性与Ⅰ类整合子相关性不高.

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为配对序列(17b)。

摘要： 本发明涉及分子生物技术领域，尤其涉及一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析全序列扩增方法，包括如SEQ ID NO.1~24所示的十二对引物。本发明解决了目前没有能够对多鱗鯔鰕虎魚进行线粒体基因组全序列扩增的问题，具有（1）一次性扩增出其线粒体基因组，通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列，便捷高效的优点；（2）提供一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物，省时省力，且节约试剂成本；（3）提供的多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物的系统分析方法为多鱗鯔鰕虎魚群体遗传、种质资源保护和可持续开发利用以及鰕虎魚类的系统发育研究提供了重要的分子手段及数据积累等优点。

摘要： 本发明涉及一种基于生物序列的负序列模式的相似性分析方法、实现系统及介质，包括：(1)数据预处理：将DNA序列中的字母用数字来表示；并分割成若干个块，得到的若干个块作为频繁模式挖掘的数据集；(2)频繁模式挖掘：使用f‑NSP算法来挖掘数据集；(3)对最大频繁正、负序列模式进行图形表示；把最大频繁正、负序列模式转化为数字序列；(4)DNA序列的相似性分析：求取不同DNA序列的相似度，选取相似度最小的对应的DNA序列为待研究的DNA序列。本发明可以有效地对负序列进行有效的表达和分析，并且通过选取不同的最大频繁模式组合，能够得到不同的分析结果，大大节省了计算机的内存和时间的消耗。

摘要： 在序列数据分析装置(10)中，计算部(21)比较作为观测某事件而得到的时间序列数据的输入序列数据(32)与作为关于该事件的标准时间序列数据的参照序列数据(31)，提取相互对应的输入序列数据(32)的数据元素与参照序列数据(31)的数据元素的组合。计算部(21)按照提取出的每个组合，计算输入序列数据(32)中的事件的进展相对于参照序列数据(31)中的事件的进展的相对速度即相对进展速度。判定部(22)根据由计算部(21)计算出的相对进展速度，判定输入序列数据(32)中的事件的进展是否存在异常。

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为伴侣序列(17b)。

摘要： 本发明涉及一种基于生物序列的负序列模式的相似性分析方法、实现系统及介质，包括：(1)数据预处理：将DNA序列中的字母用数字来表示；并分割成若干个块，得到的若干个块作为频繁模式挖掘的数据集；(2)频繁模式挖掘：使用f‑NSP算法来挖掘数据集；(3)对最大频繁正、负序列模式进行图形表示；把最大频繁正、负序列模式转化为数字序列；(4)DNA序列的相似性分析：求取不同DNA序列的相似度，选取相似度最小的对应的DNA序列为待研究的DNA序列。本发明可以有效地对负序列进行有效的表达和分析，并且通过选取不同的最大频繁模式组合，能够得到不同的分析结果，大大节省了计算机的内存和时间的消耗。

摘要： 提供了一种分析符号序列的方法和系统。从所有者的计算设备接收符号序列的元数据。基于所接收的元数据来生成R个随机序列的集合，并且将其发送到所述符号序列的所有者的计算设备，以便基于所述R个随机序列的集合和所述符号序列来计算特征矩阵。从所有者的计算设备接收特征矩阵。在确定特征矩阵的内积低于阈值准确度时，迭代过程返回到生成R个随机序列。在确定特征矩阵的内积等于或高于阈值准确度时，基于机器学习对特征矩阵进行分类。经分类的全局特征矩阵被发送以显示在所有者的计算设备的用户界面上。

摘要： 一种基于序列到序列的文本量化分析与生成方法及系统，可根据已知的文本自动生成与所需要进行量化分析的文本所对应的文本。该系统包括：预处理模块、文本内容编码器模块、量化分析编码器模块，解码器模块。本发明使得用户不需要手动将文本信息转化为特征向量，提高了转换的效率；同时，采用基于序列到序列的神经网络算法作为生成文本和对文本进行量化分析的主要方法，在生成文本的过程中可使用GPU进行加速，进一步提高了转换速率；基于序列到序列的神经网络算法也通过多次迭代提高了生成文本和所进行量化分析的文本的质量，避免了单一的模板化的文本生成。

摘要： 一种用于鉴定人类基因组DNA中一个或多个基因组变异的方法，包括使用Alu、MIR、SVA序列基引物，并对测定混合物进行转座子间聚合酶链式反应(ITE‑PCR)，以产生一阵列包含ITE基因组区段的扩增子。还提供了所述方法在鉴定与性质或者疾病相关的一个或多个基因组变异中的应用。

摘要： 本发明涉及碱基序列分析方法和碱基序列分析装置。该碱基序列分析方法包括：核酸扩增步骤，通过核酸扩增反应获得扩增产物，浑浊度测量步骤，测量核酸扩增反应的反应溶液的浑浊度，以及熔解曲线分析步骤，对位于核酸扩增反应的反应场所的探针核酸链和扩增产物执行熔解曲线分析。