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基于线粒体COI基因的雷州半岛马尾藻属常见种DNA条形码鉴定及系统进化分析

         
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摘要

采用DNA条形码技术辅以传统形态分类方法，对雷州半岛马尾藻属（Sargassum）6常见种进行物种鉴定和系统进化分析。测得6种马尾藻线粒体COI基因序列，该序列与GenBank和BOLD数据库中马尾藻序列同源性均大于或等于99%，该结果与形态分类学鉴定结果一致。COI基因序列特征分析表明，6种马尾藻保守位点421个，变异位点58个，简约信息位点21个，单一突变位点37个，变异率7.7%，T、C、A、G平均含量分别为39.1%、18.9%、19.1%、22.9%，A+T含量（58.2%）高于C+G含量（41.8%），UUU所编码的苯丙氨酸（F）使用频率最高，达12.5%，最大似然法估算的转换颠换比值为2.42，种间遗传距离多在0.030±0.013~0.100±0.016之间。聚类分析结果与形态学鉴定、同源性分析结果一致。%Species identification and phylogenetic relationship in 6 common species ofSargassum collected from Leizhou Peninsula wereanalyzed byappling DNA barcoding technology assisted traditional morphological classification method.Mt-DNACOI gene sequencesof 6 species of Sargassum and existing data in GenBankand BOLD databasefor homology analysis showed that the similarity is99% or more,the molecular data were consistent withthe morphological identification results. In addition,theanalyses oncharacteristicsofCOI gene sequenceshows thatCOI gene sequence in 6speciesSargassumincluding 421 conserved sites, 58 variable sites, 21 Parsim-Informative sites, and 37 Singleton sites,accounted for 7.7%.Nucleartides composition results showed:T, C, A, G average contents were39.1%,18.9%,19.1%,22.9%, respectively, and A+T content (58.2%) was significantly higher thanC+Gcontent(41.8%).The highest frequency of amino acid was Phenylalanine (F) which coded by UUU(12.5%).The rate of transition and transversion based on maximum likelihood was2.42. Interspecific genetic distanceswerefrom 0.001±0.001to 0.113 ±0.016.The result ofcluster analysiswasconsistent withthat of morphological identification and homology analysis.

著录项

  • 来源
    《广东海洋大学学报》 |2016年第4期|17-22|共6页
  • 作者

    贺亮; 廖健; 全秋梅; 梁忠; 谢恩义; 刘丽; 刘楚吾;

  • 作者单位

    广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室;

    广东湛江 524025;

    广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室;

    广东湛江 524025;

    广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室;

    广东湛江 524025;

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    广东湛江 524025;

    广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室;

    广东湛江 524025;

    广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室;

    广东湛江 524025;

    广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室;

    广东湛江 524025;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 基因工程（遗传工程）;植物分类学（系统植物学）;
  • 关键词

    马尾藻属; mtDNA-COI基因; 物种鉴定; 分子系统进化; DNA条形码;

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