• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《广东海洋大学学报》 >卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析

卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

The full-length cDNA of carnitine palmitoyltransferaseⅠ(CPTⅠ) inTrachinotus ovatus was cloned by RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends). And the structure and function of CPTⅠ protein was analyzed by bioinformatics method. The result showed that cDNA sequence of CPTⅠ in T. ovatuswas 2 841 bp, consisting of a 5′ untranslated region (5′-UTR) of 142 bp, a 3′ -UTR of 335 bp, and open reading frame was 2 363 bp, which encoding 787 amino acid (GenBank accession No. KP987456). CPTⅠ was a stable protein with hydrophilic and large molecular. The protein contained two helical transmembrane regions, with aliphatic index 85.63, and grand average of hydropathicity (GRAVY) -0.213, two N-glycosylation sites in 312th and 367th of the amino acid sequence, and there were possible phosphorylation sites in Ser, Thr and Tyr. There was no signal peptide sequence, andα helix was 40.66% in secondary structure of CPTⅠ protein. Subcellular localization showed that the protein was mainly distributed in the cytoplasm and mitochondria. Phylogenetic tree analysis ofCPTⅠ protein showed thatT. ovatus had 94 % homology with perch, and had 93% homology with large yellow croaker and Gilthead seabream, and had the lowest homology with human and mouse.%采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ（carnitine palmitoyltransferaseⅠ，CPTⅠ）cDNA序列全长，并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明，卵形鲳鲹CPTⅠ基因（GenBank登录号KP987456）cDNA序列全长2841 bp，其开放阅读框（ORF）为2363 bp，编码787个氨基酸，3'非编码区（URT）335 bp，5'非编码区142 bp；生物信息预测显示CPTⅠ基因编码的蛋白无信号肽序列，脂溶指数高达85.63，亲水性平均值（GRAVY）为-0.213，具有2个跨膜区螺旋，在第312和367氨基酸残基处存在N-糖基化位点，在19个丝氨酸（Ser）、9个苏氨酸（Thr）和14个酪氨酸（Tyr）残基上可能发生磷酸化；二级结构中α螺旋（Alpha helix）占比例最大，为40.66%；该蛋白亚细胞定位预测其主要分布于细胞质和线粒体中；分子系统进化分析显示，卵形鲳鲹 CPTⅠ蛋白与花鲈（ Lateolabrax japonicas）的同源性最高，达94%，与大黄鱼（Larimichthys crocea）、金鲷（Sparus aurata）的次之，均为93%，与人（Homo sapiens）、鼠（Mus musculus）等的同源性较低（65%）。

著录项

  • 来源
    《广东海洋大学学报》 |2015年第3期|7-15|共9页
  • 作者

    方玲玲; 王忠良; 陈刚; 汤保贵; 张健东; 黄建盛; 周晖;

  • 作者单位

    广东海洋大学水产学院;

    广东海洋大学水产学院;

    广东省普通高校南海水产经济动物增养殖重点实验室;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东海洋大学水产学院;

    广东省普通高校南海水产经济动物增养殖重点实验室;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东海洋大学水产学院;

    广东省普通高校南海水产经济动物增养殖重点实验室;

    广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室;

    广东湛江 524088;

    广东海洋大学水产学院;

    广东海洋大学水产学院;

    广东海洋大学水产学院;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 转化及克隆;鲈形目;
  • 关键词

    卵形鲳鲹; 肉碱棕榈酰基转移酶I; 基因; 克隆; 生物信息分析;

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号