基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

孙瑞萍; 魏立民; 王峰; 晁哲; 刘海隆; 郑心力; 刘圈炜; 黄丽丽; 邢漫萍

首页> 中文期刊> 《湖南农业大学学报：自然科学版》 >基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

开具论文收录证明 >>

期刊封面封底目录下载 >>

文献代查 >>

页面导航

摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3'端发生了延伸,4 147、4 160个基因5'端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。

著录项

来源
《湖南农业大学学报：自然科学版》 |2018年第2期|193-197|共5页
作者
孙瑞萍; 魏立民; 王峰; 晁哲; 刘海隆; 郑心力; 刘圈炜; 黄丽丽; 邢漫萍;
展开▼
作者单位

海南农业科学院畜牧兽医研究所;

海南省热带动物繁育与疫病控制重点实验室;

展开▼
原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类猪;基因工程（遗传工程）;
关键词
五指山猪; 基因表达; 基因结构; 可变剪接; 新转录本;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. 五指山猪和长白猪背最长肌蛋白组学研究 [J] . 孙瑞萍 ,魏立民 ,陈婷 . 湖南农业大学学报（自然科学版） . 2021,第005期
2. 五指山猪背最长肌和半腱肌DNA甲基化检测分析 [J] . 晁哲 ,孙瑞萍 ,刘海隆 . 养猪 . 2020,第001期
3. 五指山猪8种组织IGF2和IGFBP3基因表达的发育性变化研究 [J] . 侯冠彧 ,周汉林 ,王东劲 . 家畜生态学报 . 2010,第005期
4. 基于RNA-Seq技术挖掘绵羊背最长肌肉质性状相关基因 [J] . 王位 ,付绍印 ,何小龙 . 中国畜牧兽医 . 2018,第001期
5. 基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释 [J] . 李小金 ,钱坤 ,刘林清 . 西北农林科技大学学报（自然科学版） . 2016,第006期
6. 五指山猪近交系内源性反转录病毒(PERV)及无PERV传染性新种群建立研究 [C] . Yuyuan Ma ,马玉媛 ,赵雄 . 第八届北京实验动物科学国际论坛 . 2017
7. 基于RNA-seq技术对皖南花猪和大约克猪背最长肌差异基因的筛选 [A] . 李小金 . 2015

基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅