基于二级结构预测蛋白质复合体亚基相互作用

裴智勇; 任松叶; 蔡禄

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基于二级结构预测蛋白质复合体亚基相互作用

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蛋白质相互作用在生命活动中起着核心作用,蛋白质复合体亚基的结合是蛋白质相互作用的一种重要形式.由于实验方法耗时耗力,因此从理论上预测蛋白质相互作用有着特殊的意义.首先对蛋白质复合体的结合区统计其二级结构、超二级结构和二级结构组合的频数,以及这些结构占整个蛋白质氨基酸链中各类统计数目的百分比,得到各类型结构出现在结合区的相对倾向值.而后,根据相对倾向值给出相结合的两个蛋白亚基的氨基酸链的打分规则.选取64个氨基酸长度为标准滑动窗口,以1为步长,将每一对蛋白链得到一组分值作为特征值输入支持向量机,构建模型.用10折交叉检验评价其预测能力,得到整体准确率、敏感性、阳性预测值和相关系数分别是64.52%、66.87%,63.92%和0.291.这表明本方法有一定的区分度,用于预测蛋白质亚基相互作用是可行的.

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来源
《内蒙古科技大学学报》 |2010年第1期|76-79|共4页
作者
裴智勇; 任松叶; 蔡禄;
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作者单位

内蒙古科技大学,数理与生物工程学院,内蒙古,包头,014010;

内蒙古科技大学,数理与生物工程学院,内蒙古,包头,014010;

内蒙古科技大学,数理与生物工程学院,内蒙古,包头,014010;

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正文语种 chi
中图分类生物结构理论;
关键词
二级结构; 超二级结构; 蛋白质相互作用; 支持向量机;

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