基于矩阵打分值和化学位移值预测酶蛋白质中β-发夹模体

宋航宇; 胡秀珍

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基于矩阵打分值和化学位移值预测酶蛋白质中β-发夹模体

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酶是一类具有催化功能的蛋白质,对其结构和功能的研究是非常有必要的。特殊模体β-发夹是一种简单的超二级结构,它们包含了丰富的折叠信息,对酶中β-发夹的预测有助于酶结构和功能的预测。本文建立了非冗余的β-发夹模体数据集,包含1080条酶蛋白质链,2818个β-发夹模体,1098个非β-发夹。提取位点亲疏水组分及位点亲疏水紧邻关联组分作为参数,运用矩阵打分算法得到的预测结果不理想。将位点亲疏水、位点亲疏水紧邻关联组分为参数得到的打分值和平均化学位移值共同作为特征参数,输入支持向量机算法对模体进行预测,5交叉检验预测总精度是81.8%,相关系数达到了0.636。

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来源
《内蒙古工业大学学报：自然科学版》 |2014年第3期|174-181|共8页
作者
宋航宇; 胡秀珍;
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作者单位

内蒙古工业大学理学院;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类理论生物物理学;
关键词
β-发夹模体; 支持向量机算法; 矩阵打分算法; 位点亲疏水组分; 位点亲疏水关联; 平均化学位移值;

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