• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《江苏大学学报：医学版》 >基于生物信息学的结肠癌核心基因筛选及验证

基于生物信息学的结肠癌核心基因筛选及验证

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

目的:利用生物信息学方法筛选结肠癌核心基因,并通过体外实验进行验证,挖掘潜在的结肠癌分子标志物。方法:从GEO数据库下载GSE23878、GSE37182和GSE74602数据集,应用R语言筛选结肠癌和癌旁组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs进行GO富集分析、KEGG信号通路分析。利用STRING数据库构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,采用Cytoscape软件筛选结肠癌核心基因。利用TCGA数据库验证核心基因表达及预后价值,采用细胞转染及MTT法进一步验证核心基因的功能。结果:3个数据集筛选出270个共有DEGs,GO富集分析显示DEGs参与生长负调控、细胞外基质组织、细胞外结构组织等生物学过程,KEGG信号通路分析DEGs主要富集于Wnt、NF-κB、细胞周期等信号通路。PPI筛选出11个核心基因。经GEPIA数据库验证,MYC、TIMP1、UBE2C、SOX9、AURKA、COL1A1、CDC20、TOP2A和CENPF在结肠癌中高表达,而CAV1和CXCL12低表达。进一步生存分析显示,AURKA高表达与结肠癌患者总体生存期呈正相关(P<0.05),TIMP1高表达与结肠癌患者总体生存期呈负相关(P<0.05),COL1A1高表达与结肠癌患者无病生存期呈负相关(P<0.05)。细胞转染及MTT实验结果显示,过表达AURKA、TIMP1可显著促进结肠癌细胞增殖。结论:筛选出可能参与结肠癌发生的11个核心基因,其中AURKA和TIMP1表达变化可能与结肠癌患者预后相关。

著录项

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号