基于生物信息学分析筛选舌鳞状细胞癌核心基因及其预后价值

黄成; 易尚辉; 查文婷; 吕媛

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cqvip:目的通过对GEO数据库提供的基因芯片数据进行挖掘,结合生物信息学分析基因表达谱,获取舌鳞状细胞癌(TSCC)核心基因,利用生存分析初步验证核心基因对舌鳞状细胞癌的预测效果。方法从GEO数据库下载舌鳞状细胞癌相关芯片数据(GSE9844),获得了26例TSCC组织样本和12例癌旁组织样本的全基因组转录组谱,采用SAM算法筛选出TSCC与癌旁组织间的差异表达基因,并借助GEO的gene信息库对基因功能进行描述,筛选出TSCC与癌旁组织间的差异细胞信号通路,构建决定TSCC的基因共表达网络,通过GEPIA数据库来初步验证共表达网络中的核心基因是否与TSCC患者的生存预后存在相关性。结果筛选出2074个差异表达基因,包括1119个上调基因和955个下调基因。以2074个差异表达基因作为共表达网络的构建基础,共纳入230个差异表达基因,筛选出5个TSCC核心的基因(ADCY4、PLA2G12A、MAOB、PDE2A、CYP2C9),通过GEPIA数据库对核心基因进行生存分析,初步验证共表达网络中高表达的ADCY4基因与TSCC总体生存率呈正相关(P=0.014),高表达PLA2G12A基因与TSCC总体生存率呈负相关(P=0.0029),MAOB、PDE2A及CYP2C9基因患者生存率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论通过生物信息学方法分析影响TSCC的核心基因,最终筛选出2个差异表达非常显著且对患者预后影响明显的基因,对TSCC的诊断和预后治疗提供了新思路,提高TSCC机制的研究效率。

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来源
《医学信息》 |2020年第3期|6-12|共7页
作者
黄成; 易尚辉; 查文婷; 吕媛;
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作者单位

湖南师范大学医学院湖南长沙 410001;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类头、颈、肩部肿瘤;
关键词
舌鳞状细胞癌; 生物信息学; 核心基因; 共表达网络;

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