• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《吉林大学学报（医学版）》 >基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析

基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制.方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选.采用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测差异表达的lncRNA与miRNA以及差异表达的mRNA与miRNA之间的调控关系.采用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,采用基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)对差异基因进行富集分析,采用CytoHubba插件筛选核心基因,即Hub基因.采用GEPIA数据库比较AML患者和正常对照者中前10个Hub基因的表达,绘制Hub基因的生存曲线.结果:与正常对照者比较,AML患者中有1105个mRNA和387个lncRNA存在差异表达.构建的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络由45个lncRNAs、31个miRNA和89个mRNA组成.GO分析,差异基因所调节的功能主要有膜微结构域调节、谷氨酸受体结合和上皮细胞增殖调节等.KEGG分析,19条通路被富集,其中包括转录调控、蛋白聚糖调控和Ras信号通路等.通过CytoHubba共筛选出GATA结合蛋白3(GATA3)、WT1转录因子(WT1)和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)等前10个连接度最高的Hub基因.采用GEPIA数据库验证GATA3、WT1、PPARG、MYB原癌基因(MYB)、性别决定相关的高迁移率基因群4(SOX4)和E2F7存在差异表达.E2F7低表达组患者生存率高于E2F7高表达组(P=0.028).结论:筛选出的lncRNA、miRNA和mRNA所构成的ceRNA网络可能促进了AML的发生发展.

著录项

  • 来源
    《吉林大学学报（医学版）》 |2021年第3期|669-676|共8页
  • 作者

    潘玉卿; 孙运艳; 李轶勋; 王丽英; 斯南卓玛; 陈睿; 张曦; 杜艳;

  • 作者单位

    昆明医科大学第一附属医院检验科 云南省实验诊断研究所 云南省检验医学重点实验室 云南 昆明 650032;

    云南省肿瘤医院 昆明医科大学第三附属医院血液科 云南 昆明 650118;

    昆明医科大学第一附属医院检验科 云南省实验诊断研究所 云南省检验医学重点实验室 云南 昆明 650032;

    昆明医科大学第一附属医院检验科 云南省实验诊断研究所 云南省检验医学重点实验室 云南 昆明 650032;

    昆明医科大学第一附属医院检验科 云南省实验诊断研究所 云南省检验医学重点实验室 云南 昆明 650032;

    昆明医科大学第一附属医院检验科 云南省实验诊断研究所 云南省检验医学重点实验室 云南 昆明 650032;

    云南省肿瘤医院 昆明医科大学第三附属医院检验科 云南 昆明 650118;

    昆明医科大学第一附属医院检验科 云南省实验诊断研究所 云南省检验医学重点实验室 云南 昆明 650032;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 白血病;
  • 关键词

    生物信息学; 急性髓系白血病; 竞争内源性RNA; 基因芯片;

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号