ABEEMσπ/MM模型中静电相互作用能的并行化

杨忠志; 张晶; 刘翠; 刘青昆

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ABEEMσπ/MM模型程序中,计算静电相互作用能非常耗费机时.针对原串行程序中多个循环相互嵌套的求解部分,进行循环带状划分并行化处理.经测试表明,利用新编制的并行程序进行动力学模拟,并行加速比以线性趋势提高、求解静电相互作用能速度大幅度加快、尤其是针对原子数较多的分子体系效果比较理想.利用36个CPU,对于位点数为10 000左右的蛋白质体系,进行1ns的动力学模拟,至少可以节省1年左右的时间,明显地提高了研究蛋白质体系性质的效率.

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来源
《辽宁师范大学学报：自然科学版》 |2009年第4期|457-461|共5页
作者
杨忠志; 张晶; 刘翠; 刘青昆;
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作者单位

辽宁师范大学化学化工学院;

辽宁师范大学物理与电子技术学院;

辽宁师范大学计算机与信息技术学院;

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正文语种 chi
中图分类 O641.121;
关键词
ABEEMσπ/MM; 静电相互作用能; 并行计算; DO循环;

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