酵母重复基因在蛋白质互作网络中的分歧进化

赵振华; 陈新雨; 周鹏方; 郭阳; 刘敏; 林文超; 张德礼

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摘要

【目的】分析全基因组重复后,蛋白质互作网络对重复基因分歧模式的作用机制。【方法】结合高精度的蛋白质互作数据集和具有相同进化年代的重复基因数据集,在全基因组范围关联分析拷贝间进化距离与网络结构的相关性,并通过对拷贝间连接水平的差异程度分类,分析不同阶段网络结构对基因功能的影响。【结果】重复基因两拷贝间的进化距离与其祖先基因在网络中的连接水平呈显著负相关,与重复基因间的连接度差异率呈显著正相关;网络结构完全歧化的重复基因间的非同义替换均值,较未完全歧化的重复基因显著高出30.2%。【结论】网络结构对重复基因的进化起调节作用,网络系统在保持核心稳定的同时,使外围组分发生了更大变化;重复基因在网络结构改变的前期为基因组提供功能冗余,但在网络结构差别较大后,显著增加的突变更有利于基因新功能的产生。

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来源
《西北农林科技大学学报：自然科学版》 |2010年第10期|165-170|共7页
作者
赵振华; 陈新雨; 周鹏方; 郭阳; 刘敏; 林文超; 张德礼;
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作者单位

西北农林科技大学生命科学学院生物信息学研究中心分子病毒免疫与肿瘤系统生物学研究组;

西北农林科技大学动物医学院病毒免疫与生物信息研究室预防兽医学系兽医微生物学与病毒学课程组;

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正文语种 chi
中图分类分子遗传学;
关键词
基因重复; 蛋白质相互作用; 进化距离; 非同义替换; 连接度; 酵母;

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