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VP1蛋白结构特征预测及功能分析

         

摘要

目的 本文基于生物信息学方法 对EV71 VP1(enterovirus type 71 viral protein 1)蛋白进行系统结构与功能预测分析.方法 应用GOR4(Garnier-Osguthorpe-Robson方法 )、HNN(Hierarchical人工神经网络预测法)、PHD(多重比对人工神经网络比对预测结构法)、Predator(单序列分析人工神经网络预测结构法)、SOPMA(改进型自我优化预测结构法)等方法 预测EV71 VP1外壳蛋白的二级结构,SWISS MODEL服务器的同源建模方法 构建EV71 VP1的三级结构模型,并分析亲水性、柔韧性、抗原指数、表面可能性.结果 预测结果 表明EV71 VP1的二级结构以无规卷曲为主,其次为β-片层和α-螺旋,无β-转角.同源建模获得与VP1具有42%的序列一致性的已知结构的编号为1bev的蛋白质,进行VP1的同源建模并得到良好的建模评估效果;预测了可能的EV71 VP1抗原性区域.结论 综合多种策略预测EV71 VP1的二级结构和三级结构,为进一步研究开发相关药品以防治EV71感染提供理论基础.

著录项

  • 来源
    《山西医科大学学报》 |2009年第6期|485-490后插1|共7页
  • 作者单位

    第三军医大学预防医学院流行病学教研室,重庆,400038;

    中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室;

    第三军医大学预防医学院流行病学教研室,重庆,400038;

    中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室;

    中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室;

    第三军医大学预防医学院流行病学教研室,重庆,400038;

    第三军医大学预防医学院流行病学教研室,重庆,400038;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 肠道病毒与肝炎病毒;
  • 关键词

    EV71VP1; 同源建模; 生物信息学;

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