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七彩神仙鱼脑组织转录组mRNAs差异表达分析

         
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摘要

【目的】挖掘七彩神仙鱼(Symphysodon haraldi)脑组织性别差异基因,为揭示脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 6000测序平台对七彩神仙鱼雌、雄脑组织样本进行转录组测序分析,经过滤和Trinity组装获得基因,采用DIAMOND进行功能注释;并选取NR、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等数据库进行比对,筛选出差异表达候选基因;随机选取6个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。【结果】从构建的七彩神仙鱼脑组织cDNA文库测序获得337190200条原始数据(Raw reads),经质量筛选后获得34109个基因(平均长度1007.00 bp)和67488个转录本(平均长度694.00 bp)。经生物信息学分析方法筛选,最终获得85个差异表达基因(61个在雄鱼脑组织中高表达,24个在雌鱼脑组织中高表达),包括黑色素浓集激素(MCH)、催乳素释放激素(Prlh)、垂体同源结构域转录因子2(pitx2)、免疫球蛋白家族成员(DSCAM和IGDCC3)、溶质载体(UNC93B1)及醛糖还原酶(AKR1B1)等功能基因。与雌鱼脑组织相比,雄鱼脑组织中涉及细胞突触传递、激素调控、信号传导、黑色素浓集激素、催乳素释放激素、生长激素和G蛋白偶联受体的基因呈下调趋势,而涉及离子运输和免疫反应的基因呈上调趋势。随机选取6个差异表达基因(Prlh、pitx2、MCH、LMX1A、KBP和CRP)进行实时荧光定量PCR验证,结果显示,Prlh、pitx2、MCH、LMX1A和KBP基因在雌鱼脑组织的相对表达量较高,而CRP基因在雄鱼脑组织的相对表达量较高。【结论】MCH、Prlh、pitx2、DSCAM、IGDCC3、UNC93B1、AKR1B1和Nid1等基因在七彩神仙鱼脑组织中呈性别差异表达,可能在调节脑组织类固醇激素形成及配子发生的过程中发挥重要作用,可作为候选基因应用于七彩神仙鱼脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制研究。

著录项

  • 来源
    《南方农业学报》 |2020年第11期|P.2827-2835|共9页
  • 作者

    刘怡南; 温彬; 陈再忠;

  • 作者单位

    水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学) 上海201306上海水产养殖工程技术研究中心(上海海洋大学) 上海201306农业农村部淡水水产种质资源重点实验室(上海海洋大学) 上海201306;

    水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学) 上海201306上海水产养殖工程技术研究中心(上海海洋大学) 上海201306农业农村部淡水水产种质资源重点实验室(上海海洋大学) 上海201306;

    水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学) 上海201306上海水产养殖工程技术研究中心(上海海洋大学) 上海201306农业农村部淡水水产种质资源重点实验室(上海海洋大学) 上海201306;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类 S965.82;
  • 关键词

    七彩神仙鱼; 转录组; 脑组织; 性别差异基因;

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