非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序技术建库方法的优化

PENG Anghui; LI Zhaoqiang; ZHANG Yan; FENG Delong; HAO Bingtao

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目的优化非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序(Native ChIP-seq)技术,简化操作步骤,得到高质量ChIP-seq数据.方法裂解细胞,MNase切割DNA释放核小体,用组蛋白修饰的特异性抗体将组蛋白与DNA的复合物进行免疫共沉淀,蛋白酶K消化后进行DNA纯化,染色质免疫共沉淀(ChIP)产物用n5转座酶建库与传统建库两种方法进行文库构建并测序.结果与传统建库方法相比,Tn5转座酶建库经过Tn5片段化后直接进行目的DNA的扩增,操作简单,更加省时,效率更高;IGV可视化信号分布峰图显示两种建库方式获得的富集峰基本相同;两种建库方法获得的测序数据中,Tn5转座酶建库比传统建库获得更多的富集峰;Tn5转座酶建库后结果显示重复性良好,信噪比达到50％以上.结论 Tn5转座酶建库能提高建库效率并得到更好的数据质量,适用于组蛋白修饰的检测,为表观遗传研究提供更好的技术选择.

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来源
《南方医科大学学报》 |2019年第6期|692-698|共7页
作者
PENG Anghui; LI Zhaoqiang; ZHANG Yan; FENG Delong; HAO Bingtao;
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作者单位

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正文语种 chi
中图分类
关键词
染色质免疫共沉淀技术; 二代测序技术; 组蛋白修饰; 传统建库; Tn5转座酶建库;

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