lncRNA SNHG5对人类下咽癌细胞转录组学的影响及意义

周焕; 唐颖; 杜翠萍; 杨扬; 冯会杰; 邱淼欣; 闫佩毅; 蔡骁垚; 金姝

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目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)SNHG5对人类下咽癌细胞株FaDu转录组学的影响。方法构建rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒和rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒,将感染rLV-hSNHG5-ZsGreen-Puro慢病毒的FaDu细胞作为rLV-SNHG5组,将感染rLV-ZsGreen-Puro对照慢病毒的FaDu细胞作为rLV组。筛选差异基因集并进行基因转录能力、基因本体(GO)功能、京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路、Reactome通路、疾病本体(DO)功能分析。结果rLV-SNHG5组SNHG5相对表达量显著高于rLV组(P<0.01)。基因差异分析共筛选出1070个差异表达的基因,其中表达上调537个、表达下调533个。表达上调居前10位基因分别为LCP1、NT5E、CTGF、AXL、AKAP12、PXDN、THBS1、4-Mar、TMEM200A和RIPOR3,表达下调居前10位基因分别为PKP1、SERPINB13、KLK10、AC011473.4、NOTCH3、CA2、EGLN3、SLC6A8、KRT4和VAV3。功能分析结果显示,SNHG5改变了FaDu细胞部分基因的转录能力、参与调控GO功能、KEGG信号通路、Reactome通路和DO功能。结论SNHG5对FaDu细胞的转录组学有一定的影响。

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来源
《检验医学》 |2022年第3期|281-287|共7页
作者
周焕; 唐颖; 杜翠萍; 杨扬; 冯会杰; 邱淼欣; 闫佩毅; 蔡骁垚; 金姝;
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作者单位

南华大学衡阳医学院;

上海市普陀区人民医院耳鼻喉科;

上海市普陀区人民医院检验科;

上海市普陀区人民医院中心实验室;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类 R393;
关键词
小核仁RNA宿主基因5; 长链非编码RNA; 转录组学; 下咽癌;

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