产甲烷常温古细菌和嗜热古细菌代谢网络拓扑结构与功能间的关联性研究

陈璟n; 丁彦蕊; 须文波

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产甲烷常温古细菌和嗜热古细菌代谢网络拓扑结构与功能间的关联性研究

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根据从KEGG数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络,通过不同的网络属性特征的比较,发现常温古细菌MAC的代谢网络比嗜热古细菌MKA有更长的平均路径长度,更大的直径,这表明常温古细菌MAC的总体结构是相对低密度、松散的网络结构.同时为了从系统水平上分析这些特征蕴含的功能意义,采用了Grivan和Newman提出的模块算法(简称GN算法)分析这两个生物体的功能模块,并将所得的结果与KEGG数据库中的途径信息进行比较研究,发现大部分模块对应2～4个KEGG途径,表明这些网络模块均具有一定功能意义.

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来源
《生命科学研究》 |2011年第3期|189-194|共6页
作者
陈璟n; 丁彦蕊; 须文波;
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作者单位

江南大学物联网工程学院,中国江苏无锡214122;

江南大学物联网工程学院,中国江苏无锡214122;

工业生物技术教育部重点实验室,中国江苏无锡214122;

江南大学物联网工程学院,中国江苏无锡214122;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类总代谢;
关键词
代谢网络; 古细菌; 产甲烷菌; 社团结构; 模块性; GN算法;

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