PhageGT:dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

田真; 杜牧云; 纪孟志; 崔润博; 赵云迎; 樊祥宇

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PhageGT:dsDNA噬菌体基因组末端分析软件

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[背景]随着测序费用的降低,越来越多的科学家选择利用高通量测序技术研究噬菌体的基因组序列.通过对这些基因组数据的分析和研究,一些科学家也开发出了判断dsDNA噬菌体末端序列的方法,但这些方法是基于Linux系统下的命令,并没有在Windows操作系统下的软件.[目的]在Windows平台下开发一款免费的、可以在高通量测序获得的庞大序列文件中找到dsDNA噬菌体基因组末端序列的软件PhageGT.[方法]使用Visual Studi02019开发一个基于对话框的微软基础类库(Microsoft Foundation Classes,MFC)应用程序.软件使用C++语言开发,逐行读取序列文件中的每条Reads,并设计相应的算法进行统计、计算.[结果]软件PhageGT可在高通量测序文件中提取出不同序列出现的频率、排序,并利用提取序列的最高频率和序列平均频率的比值(R值)判断噬菌体基因组是否存在末端序列.[结论]软件PhageGT的使用比较方便、简单.软件PhageGT和本文所利用的所有测试数据均可从https://zenodo.org/record/4674231 #.YHADb-gzZxc免费获得.

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来源
《微生物学通报》 |2021年第9期|3130-3140|共11页
作者
田真; 杜牧云; 纪孟志; 崔润博; 赵云迎; 樊祥宇;
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作者单位

济南大学人工智能研究院山东济南250022;

济南大学生物科学与技术学院山东济南250022;

中国气象局武汉暴雨研究所湖北武汉430205;

济南大学生物科学与技术学院山东济南250022;

济南大学生物科学与技术学院山东济南250022;

济南大学生物科学与技术学院山东济南250022;

济南大学人工智能研究院山东济南250022;

济南大学生物科学与技术学院山东济南250022;

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正文语种 chi
中图分类
关键词
dsDNA噬菌体; 高通量测序; 基因组末端; PhageGT;

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