SVGLR:全新的长读测序基因分型算法

刘宇暄; 高建龙; 李兰兰; 胡振铎; 朱晓

首页> 中文期刊> 《移动信息》 >SVGLR:全新的长读测序基因分型算法

SVGLR:全新的长读测序基因分型算法

开具论文收录证明 >>

期刊封面封底目录下载 >>

文献代查 >>

页面导航

摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

文中基于三代测序数据提出了一种动态规划的基因分型算法。首先,根据改进的Needleman-Wunsch序列比对算法将基因组中所有变异的序列分别进行比对,根据比对矩阵生成用于分类的匹配向量序列。然后,提出序列分类算法,根据分类结果计算基因型,确定变异的合子性。在公开数据集上,使用该算法进行基因分型实验,实验结果表明该算法的精确率和F1指标均有所提高,有着较好的基因分型结果。

著录项

来源
《移动信息》 |2023年第2期|91-93|共3页
作者
刘宇暄; 高建龙; 李兰兰; 胡振铎; 朱晓;
展开▼
作者单位

哈尔滨师范大学计算机科学与信息工程学院;

烟台大学计算机与控制工程学院;

展开▼
原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类程序设计、软件工程;
关键词
基因分型; 三代测序数据; 动态规划; 结构变异;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. SuperLLEC:全新的链读和长读测序组装纠错算法 [J] . 崔雅轩 ,张少强 . 计算机工程与应用 . 2022,第3期
2. 基于长读长高通量基因测序技术在肿瘤融合基因检测中的应用进展 [J] . 刘政 ,黄玲 ,万绍贵 . 赣南医学院学报 . 2020,第12期
3. 单管扩增测序分型技术用于人类白细胞抗原-DRB1基因分型的研究 [J] . 陈耿臻 ,郭钊轩 ,许铭炎 . 汕头大学医学院学报 . 2005,第3期
4. 焦磷酸测序法和Sanger测序法检测丙型肝炎病毒基因分型的方法学比较 [J] . 渠滕 ,田文君 ,刘义庆 . 中国现代医学杂志 . 2017,第021期
5. 环尾狐猴源弓形虫多位点基因的克隆、测序及基因分型 [J] . 杨芳 ,李康信 ,徐春忠 . 野生动物 . 2017,第002期
6. 中国人群长QT综合征患者的基因型-表型分析以及基于家系成员ECG特点的基因分型预测 [C] . 高元丰 ,刘文玲 ,李翠兰 . 2014北京大学心血管转化医学论坛 . 2014
7. 针对第三代RNA测序长读段的比对算法研究 [A] . 李琪 . 2022

SVGLR:全新的长读测序基因分型算法

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅