黄脊竹蝗荧光定量PCR内参基因的鉴定与筛选

方林鑫; 李志红; 张守科; 张威; 舒金平; 王浩杰

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【目的】基于黄脊竹蝗若虫不同龄、成虫不同性别及不同组织筛选稳定表达的内参基因,为黄脊竹蝗后续转录调控研究提供参考。【方法】依据黄脊竹蝗转录组测序结果,以TUB、RPS27A、RPL10、AK、GAPDH、EF1A、RPS3、Actin和18S rRNA常用的9种昆虫内参基因作为候选,本地Blast后获得碱基序列并设计引物。利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析这9种内参基因的稳定性,筛选出在若虫不同龄、成虫不同性别与不同组织(触角、头、唇须、肌肉组织、精/卵巢)中表达量最为稳定的内参基因。【结果】9种候选内参基因在黄脊竹蝗体内均为首次验证并报道,且与其他昆虫相应基因同源性高(高于70%),差异值小;9种候选内参基因的引物均具有良好的扩增效率(均在90%~120%);在所有样品中,18S rRNA表达水平最高(Ct=10.78±2.58,P<0.05),Actin表达水平差异值最大(Ct=23.55±3.84,P<0.05)。黄脊竹蝗不同龄若虫的内参基因稳定性分析时,3个软件排在前2位的内参基因均为RPS3与RPL10;基于不同组织分析时,GeNorm与BestKeeper软件表明RPL10是最合适内参基因,而NormFinder软件则表明GAPDH为最合适内参基因;在黄脊竹蝗成虫不同性别分析时,3种软件评估结果均表明GAPDH和RPL10为合适内参基因。【结论】筛选出RPL10为在不同条件下于黄脊竹蝗体内表达稳定并具有差异性的基因,可作为黄脊竹蝗转录组学及功能基因组学研究的内参基因。

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来源
《林业科学》 |2022年第1期|70-77|共8页
作者
方林鑫; 李志红; 张守科; 张威; 舒金平; 王浩杰;
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作者单位

中国林业科学研究院亚热带林业研究所;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类森林昆虫学;
关键词
黄脊竹蝗; 内参基因; 基因筛选; 荧光定量PCR;

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