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基于TCGA数据库胶质母细胞瘤患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型构建

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目的构建基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库胶质母细胞瘤(GBM)患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型。方法通过TCGA数据库获取GBM的高通量测序数据,通过文献检索和搜查FerrDb数据库两种方式获取铁死亡基因,并基于GBM中铁死亡相关差异表达的lncRNA构建GBM预后的多lncRNA模型,分析预后lncRNA与铁死亡基因的共表达关系。结果共获得与GBM相关的铁死亡基因246个,铁死亡相关lncRNA 2624个,经差异分析和降维处理,最终得到102个与GBM显著相关的铁死亡基因,并构建了一个包含111个lncRNA的GBM预后模型,其中,69个差异有统计学意义的铁死亡基因与73个GBM预后相关的铁死亡lncRNA之间存在共表达关系。Kaplan-Meier生存曲线显示,在预后模型下,高危者和低危者的总生存率差异有统计学意义(P<0.01)。结论基于TCGA数据库成功构建GBM患者预后铁死亡基因相关lncRNA预测模型,该模型可在一定程度上预测GBM患者的生存率。

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来源
《山东医药》 |2022年第34期|64-67|共4页
作者
裴珍珍; 王革生; 宋光荣; 蔡旭; 杜勇; 东潇博;
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作者单位

北京中医药大学东方医院神经外科;

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原文格式 PDF
正文语种 chi
中图分类颅内肿瘤及脑肿瘤;
关键词
胶质母细胞瘤; 铁死亡; 长链非编码RNA; 生物信息学; TCGA;

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