全基因组测序在环境样本新型冠状病毒检测中的应用

简洁; 蒋家俊; 陈璐莹; 刘小华; 李婉宜; 许燕; 周琳琳

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全基因组测序在环境样本新型冠状病毒检测中的应用

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目的:通过对环境样本进行全基因组测序,为全基因组测序在检测环境标本中SARS-CoV-2的应用提供实践基础,为新冠肺炎疫情的溯源和防控工作提供科学依据。方法:采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Illumina二代测序的技术对5例SARS-CoV-2核酸阳性环境样本进行全基因组测序,应用多种分析软件及在线病毒变异分析平台,判定病毒家系及型别,追溯病毒来源。结果:成功从2份环境样本中获得SARS-CoV-2全基因组序列,均属于B.1.617.2.33进化分支,属于Delta变异株。结论:通过对环境样本进行全基因组测序,不仅能够对病毒进行分型,还能追溯病毒的潜在来源,从分子流行病学角度为贵阳市新冠肺炎疫情的溯源和防控工作提供科学依据。

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来源
《四川生理科学杂志》 |2022年第2期|189-192|共4页
作者
简洁; 蒋家俊; 陈璐莹; 刘小华; 李婉宜; 许燕; 周琳琳;
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作者单位

贵阳市疾病预防控制中心检验科;

四川大学华西基础医学与法医学院病原生物学系;

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正文语种 chi
中图分类动物医学（兽医学）;
关键词
新型冠状病毒; 全基因组测序; 溯源; 疫情防控;

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