• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 中文期刊> 《西南农业学报》 >菊叶香藜转录组单核苷酸多态性(SNP)信息挖掘及功能注释分析

菊叶香藜转录组单核苷酸多态性(SNP)信息挖掘及功能注释分析

         
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

[目的]挖掘菊叶香藜转录组数据中的SNP信息,对具有SNP位点的unigene(SNP-unigene)进行功能注释分析,为菊叶香藜SNP分子标记的开发提供理论依据.[方法]利用Samtools和VarScan v.2.2.7软件寻找候选的SNP位点,并对SNP-unigene进行GO注释、COG注释和KEGG注释.[结果]在菊叶香藜花和叶转录组中,分别鉴定出了889个和673个SNP位点,转换分别占63.0％和62.7％,颠换分别占37.0％和37.3％,转换和颠换的比值分别为1.70和1.68,非编码区分别占21.15％和21.10％,编码区分别占67.27％和67.46％.菊叶香藜所有SNP位点分布于643条SNP-unigene上,功能注释结果显示,总共有343条SNP-unigene具有GO注释,370条SNP-unigene具有COG注释,232条SNP-unigene具有KEGG注释,这些SNP-unigene涉及较多的功能主要与代谢、核糖体、次生代谢产物的生物合成相关.[结论]本研究通过大规模地筛选菊叶香藜中的候选SNP位点,可以为研究菊叶香藜基因分型、构建遗传图谱等方面奠定基础,对于开发利用菊叶香藜植物资源具有重要的价值.

著录项

相似文献

  • 中文文献
  • 外文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号