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基于铁死亡相关lncRNA的结直肠癌预后风险模型的构建和验证

         
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目的 基于铁死亡相关lncRNA构建结直肠癌预后模型.方法 以GSE39582和癌症基因组图谱(TCGA)数据库的结直肠癌患者,分别纳入训练队列和验证队列.从FerrDb网站下载铁死亡相关基因,并通过Pearson相关分析获得铁死亡相关lncRNA.采用单因素COX分析、套索算法(least?absolute?shrinkage?and?selection?operator,LASSO)回归、log-rank检验和多元逐步COX回归分析筛选出预后关键lncRNA,构建风险评分公式.基于评分和临床特征,建立综合预后模型,使用Kaplan-Meier生存曲线、时间依赖性ROC曲线(time-dependent?ROC?curve,t-ROC)等在内部和外部队列中进行验证.使用ESTIMATE评分、单样本基因集富集分析算法、相关性分析等探索风险评分与免疫浸润和药物敏感性的相关性.结果 筛选出了9种lncRNA(NR2F1-AS1,SLC14A2-AS1,DNM1P35,KCNIP2-AS1,BVES-AS1,LINC00113,KCNQ1OT1,LINC00261,OGFRP1),构成风险评分.结合风险评分与3个临床特征(年龄、性别、M分期)的模型在训练队列中的1年、3年和5年ROC曲线下面积分别为0.81,0.80,0.78;在验证队列中分别为0.83、0.75和0.77.风险评分高的患者预后差,免疫细胞浸润、基质评分、PD-L2表达水平较高,对氟尿嘧啶的耐药性较低.结论 本研究构建的基于铁死亡相关lncRNA的预后模型可有效预测结直肠癌患者的预后.

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