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基于TCGA数据库构建前列腺癌相关miRNA预后模型

         
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摘要

目的 利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)中前列腺癌患者的miRNA和mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,为后续研究提供理论基础.方法 从TCGA数据库中下载有关前列腺癌的相关miRNA和mRNA数据,利用R语言进行生存预后分析及临床病理特征分析.利用TargetScan、miRDB和miRanda来预测差异表达miRNA潜在靶基因,并通过基因功能富集分析揭示前列腺癌中有效分子学机制.结果 miR-19a-3p、miR-144-3p、miR-223-5p和miR-483-3p这4种miRNA与前列腺癌患者总生存期密切相关.临床病理特征分析发现miR-483-3p表达量与T分期有关,miR-19a-3p表达量与患者年龄有关,miR-223-5p表达量与Gleason评分有关.功能富集分析显示,这4种miRNA的差异表达基因可能参与叉头转录因子和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路.通过筛选共得出33个潜在靶基因.Kaplan-Meier生存分析显示,前列腺癌患者心肌肌动蛋白α1(ACTC1)、CD177、丝切蛋白2(CFL2)、肌蛋白修饰调节因子2(MBNL2)、含钯蛋白(PALLD)、磷酸二酯酶5A(PDE5A)、联丝蛋白(SYNM)或突触极蛋白2(SYNPO2)高表达组患者无病生存期均长于低表达组患者(均P<0.05).结论 miR-19a-3p、miR-144-3p、miR-223-5p和miR-483-3p等miRNA与前列腺癌预后有关,其潜在的靶基因ACTC1、CD177、CFL2、MBNL2、PALLD、PDE5A、SYNM、SYNPO2可用于评估前列腺癌患者的预后情况.

著录项

  • 来源
    《浙江医学》 |2021年第18期|1971-1978前插3-前插4|共10页
  • 作者

    张泉波; 李玉莲; 陈绮; 张艳艳; 陈国荣;

  • 作者单位

    325015 温州医科大学附属第一医院病理科;

    325015 温州医科大学附属第一医院病理科;

    325015 温州医科大学附属第一医院病理科;

    325015 温州医科大学附属第一医院病理科;

    325015 温州医科大学附属第一医院病理科;

  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 chi
  • 中图分类
  • 关键词

    前列腺癌; 生物信息学; 预后; miRNA;

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