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Gene Tree Affects Inference of Sites Under Selection by the Branch-Site Test of Positive Selection

机译：基因树通过正选择的分支站点检验影响选择位点的推断

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摘要

The branch-site test of positive selection is a standard approach to detect past episodic positive selection in a priori-specified branches of a gene phylogeny. Here, we ask if differences in the topology of the gene tree have any influence on the ability to infer positively selected sites. Using simulated sequences, we compare the results obtained for true and rearranged topologies. We find a strong relationship between “conflicting branch length,” which occurs when the set of sequences that experiences selection for a given topology and foreground is changed, and the ability to predict positively selected sites. Moreover, by reanalyzing a previously published data set, we show that the choice of a gene tree also affects the results obtained for real-world sequences. This is the first study to demonstrate that tree topology has a clear effect on the inference of positive selection. We conclude that the choice of a gene tree is an important factor for the branch-site analysis of positive selection.
机译：阳性选择的分支部位测试是检测基因系统发育的先验指定分支中过去情景阳性选择的一种标准方法。在这里，我们问基因树的拓扑结构差异是否对推断阳性选择位点的能力有任何影响。使用模拟序列，我们比较了真实拓扑和重新排列拓扑的结果。我们发现“冲突分支长度”（经历给定拓扑和前景选择的序列集发生更改）与预测正向选择位点的能力之间存在很强的关系。此外，通过重新分析以前发布的数据集，我们表明基因树的选择也会影响现实世界序列的结果。这是第一项证明树形拓扑结构对正选择推理有明显影响的研究。我们得出结论，基因树的选择是阳性选择的分支站点分析的重要因素。

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