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Identification and Characterization of Three Novel Small Interference RNAs That Effectively Down-Regulate the Isolated Nucleocapsid Gene Expression of SARS Coronavirus

机译：三种新型小干扰RNA的鉴定和鉴定可有效下调SARS冠状病毒的孤立核蛋白基因表达

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Nucleocapsid (N) protein of severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus (SARS-CoV) is a major pathological determinant in the host that may cause host cell apoptosis, upregulate the proinflammatory cytokine production, and block innate immune responses. Therefore, N gene has long been thought an ideal target for the design of small interference RNA (siRNA). siRNA is a class of small non-coding RNAs with a size of 21-25nt that functions post-transcriptionally to block targeted gene expression. In this study, we analyzed the N gene coding sequences derived from 16 different isolates, and found that nucleotide deletions and substitutions are mainly located at the first 440nt sequence. Combining previous reports and the above sequence information, we create three novel siRNAs that specifically target the conserved and unexploited regions in the N gene. We show that these siRNAs could effectively and specifically block the isolated N gene expression in mammal cells. Furthermore, we provide evidence to show that N gene can effectively up-regulate M gene mediated interferon β (IFNβ) production, while blocking N gene expression by specific siRNA significantly reduces IFNβ gene expression. Our data indicate that the inhibitory effect of siRNA on the isolated N gene expression might be influenced by the sequence context around the targeted sites.
机译：严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒（SARS-CoV）的核仁（N）蛋白是宿主中的主要病理决定因素，可能导致宿主细胞凋亡，上调促炎性细胞因子的产生并阻断先天性免疫反应。因此，长期以来，人们一直认为N基因是设计小干扰RNA（siRNA）的理想靶标。 siRNA是一类较小的非编码RNA，大小为21-25nt，在转录后起作用以阻断靶向基因的表达。在这项研究中，我们分析了来自16个不同菌株的N个基因编码序列，发现核苷酸的缺失和取代主要位于第一个440nt序列。结合以前的报道和上述序列信息，我们创建了三种新颖的siRNA，它们专门靶向N基因中保守和未利用的区域。我们表明，这些siRNAs可以有效地和特异性地阻断哺乳动物细胞中分离的N基因表达。此外，我们提供的证据表明N基因可以有效地上调M基因介导的干扰素β（IFNβ）的产生，而通过特异性siRNA阻断N基因表达则明显降低IFNβ基因的表达。我们的数据表明，siRNA对分离的N基因表达的抑制作用可能受到靶位点周围序列背景的影响。

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