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首页> 美国卫生研究院文献>Journal of Visualized Experiments : JoVE >Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology
【2h】

Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology

机译：揭示海洋中看不见的参与者-水化学和海洋微生物学现场指南

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摘要

Here we introduce a series of thoroughly tested and well standardized research protocols adapted for use in remote marine environments. The sampling protocols include the assessment of resources available to the microbial community (dissolved organic carbon, particulate organic matter, inorganic nutrients), and a comprehensive description of the viral and bacterial communities (via direct viral and microbial counts, enumeration of autofluorescent microbes, and construction of viral and microbial metagenomes). We use a combination of methods, which represent a dispersed field of scientific disciplines comprising already established protocols and some of the most recent techniques developed. Especially metagenomic sequencing techniques used for viral and bacterial community characterization, have been established only in recent years, and are thus still subjected to constant improvement. This has led to a variety of sampling and sample processing procedures currently in use. The set of methods presented here provides an up to date approach to collect and process environmental samples. Parameters addressed with these protocols yield the minimum on information essential to characterize and understand the underlying mechanisms of viral and microbial community dynamics. It gives easy to follow guidelines to conduct comprehensive surveys and discusses critical steps and potential caveats pertinent to each technique.
机译：在这里，我们介绍了一系列经过充分测试和标准化的研究协议，这些协议适用于远程海洋环境。抽样协议包括评估微生物群落可用的资源（溶解的有机碳，颗粒有机物，无机养分），以及对病毒和细菌群落的全面描述（通过直接的病毒和微生物计数，自发荧光微生物的枚举以及病毒和微生物基因组的构建）。我们使用多种方法组合，这些方法代表了科学学科的分散领域，其中包括已经建立的协议和一些最新开发的技术。特别是用于病毒和细菌群落鉴定的宏基因组测序技术，仅在最近几年才建立起来，因此仍在不断改进。这导致了目前使用的各种采样和样品处理程序。此处介绍的方法集提供了一种收集和处理环境样品的最新方法。用这些协议处理的参数在表征和理解病毒和微生物群落动力学的基本机制中所必需的信息最少。它提供了易于遵循的准则来进行全面的调查，并讨论了与每种技术相关的关键步骤和潜在的警告。

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