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Analyzing the genomic variation of microbial cell factories in the era of New Biotechnology

机译：分析新生物技术时代微生物细胞工厂的基因组变异

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摘要

The application of genome-scale technologies, both experimental and in silico, to industrial biotechnology has allowed improving the conversion of biomass-derived feedstocks to chemicals, materials and fuels through microbial fermentation. In particular, due to rapidly decreasing costs and its suitability for identifying the genetic determinants of a phenotypic trait of interest, whole genome sequencing is expected to be one of the major driving forces in industrial biotechnology in the coming years. We present some of the recent studies that have successfully applied high-throughput sequencing technologies for finding the underlying molecular mechanisms for (a) improved carbon source utilization, (b) increased product formation, and (c) stress tolerance. We also discuss the strengths and weaknesses of different strategies for mapping industrially relevant genotype-to-phenotype links including exploiting natural diversity in natural isolates or crosses between isolates, classical mutagenesis and evolutionary engineering.
机译：将基因组规模的技术（无论是实验技术还是计算机技术）应用于工业生物技术，都可以改善通过微生物发酵将生物质来源的原料转化为化学品，材料和燃料的过程。特别是，由于成本的快速下降及其对确定目标表型特征的遗传决定因素的适用性，预计全基因组测序将成为未来几年工业生物技术的主要驱动力之一。我们提出了一些最近的研究，这些研究成功地应用了高通量测序技术来寻找潜在的分子机制，以（a）改善碳源利用，（b）增加产物形成，以及（c）耐应力性。我们还讨论了将工业上相关的基因型与表型联系起来作图的不同策略的优缺点，包括利用天然分离物中的自然多样性或分离物之间的杂交，经典诱变和进化工程。

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