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首页> 美国卫生研究院文献>Clinical and Molecular Allergy : CMA >Value of eight-amino-acid matches in predicting the allergenicity status of proteins: an empirical bioinformatic investigation
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Value of eight-amino-acid matches in predicting the allergenicity status of proteins: an empirical bioinformatic investigation

机译：八氨基酸匹配在预测蛋白质的致敏性状态中的价值：经验性生物信息学研究

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摘要

The use of biotechnological techniques to introduce novel proteins into food crops (transgenic or GM crops) has motivated investigation into the properties of proteins that favor their potential to elicit allergic reactions. As part of the allergenicity assessment, bioinformatic approaches are used to compare the amino-acid sequence of candidate proteins with sequences in a database of known allergens to predict potential cross reactivity between novel food proteins and proteins to which people have become sensitized. Two criteria commonly used for these queries are searches over 80-amino-acid stretches for >35% identity, and searches for 8-amino-acid contiguous matches. We investigated the added value provided by the 8-amino-acid criterion over that provided by the >35%-identity-over-80-amino-acid criterion, by identifying allergens pairs that only met the former criterion, but not the latter criterion. We found that the allergen-sequence pairs only sharing 8-amino-acid identity, but not >35% identity over 80 amino acids, were unlikely to be cross reactive allergens. Thus, the common search for 8-amino-acid identity between novel proteins and known allergens appears to be of little additional value in assessing the potential allergenicity of novel proteins.
机译：利用生物技术技术将新型蛋白质引入粮食作物（转基因或转基因作物）已促使人们对有利于其引发过敏反应潜力的蛋白质特性进行研究。作为变应原性评估的一部分，生物信息学方法用于将候选蛋白质的氨基酸序列与已知变应原数据库中的序列进行比较，以预测新型食品蛋白质与人们变得敏感的蛋白质之间的潜在交叉反应。这些查询通常使用的两个条件是在80个氨基酸范围内搜索> 35％的同一性，并搜索8个氨基酸连续匹配项。我们通过鉴定仅符合前一个标准但不符合后一个标准的变应原对，研究了8个氨基酸标准提供的附加值与> 35％相同性超过80个氨基酸标准提供的附加值。 。我们发现，仅具有8个氨基酸同一性但在80个氨基酸上没有> 35％的同一性的变应原序列对不太可能是交叉反应性变应原。因此，在评估新型蛋白质的潜在变应原性方面，对新型蛋白质和已知过敏原之间的8个氨基酸同一性的共同寻找似乎没有什么附加价值。

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