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首页> 美国卫生研究院文献>BMC Systems Biology >KiMoSys: a web-based repository of experimental data for KInetic MOdels of biological SYStems
【2h】

KiMoSys: a web-based repository of experimental data for KInetic MOdels of biological SYStems

机译：KiMoSys：基于Web的生物系统动力学模型实验数据的存储库

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BackgroundThe kinetic modeling of biological systems is mainly composed of three steps that proceed iteratively: model building, simulation and analysis. In the first step, it is usually required to set initial metabolite concentrations, and to assign kinetic rate laws, along with estimating parameter values using kinetic data through optimization when these are not known. Although the rapid development of high-throughput methods has generated much omics data, experimentalists present only a summary of obtained results for publication, the experimental data files are not usually submitted to any public repository, or simply not available at all. In order to automatize as much as possible the steps of building kinetic models, there is a growing requirement in the systems biology community for easily exchanging data in combination with models, which represents the main motivation of KiMoSys development.
机译：背景技术生物系统的动力学建模主要由三个步骤组成，这些步骤反复进行：模型构建，仿真和分析。第一步，通常需要设置初始代谢物浓度，并指定动力学速率定律，以及在未知的情况下通过优化使用动力学数据估算参数值。尽管高通量方法的迅速发展产生了许多组学数据，但是实验人员仅提供获得的结果的摘要以供发表，实验数据文件通常不提交给任何公共存储库，或者根本就不可用。为了使构建动力学模型的步骤尽可能自动化，系统生物学界越来越需要与模型结合轻松交换数据，这是KiMoSys开发的主要动力。

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