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Gene ARMADA: an integrated multi-analysis platform for microarray data implemented in MATLAB

机译:Gene ARMADA基因:用于在MATLAB中实现的微阵列数据的集成式多分析平台

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摘要

BackgroundThe microarray data analysis realm is ever growing through the development of various tools, open source and commercial. However there is absence of predefined rational algorithmic analysis workflows or batch standardized processing to incorporate all steps, from raw data import up to the derivation of significantly differentially expressed gene lists. This absence obfuscates the analytical procedure and obstructs the massive comparative processing of genomic microarray datasets. Moreover, the solutions provided, heavily depend on the programming skills of the user, whereas in the case of GUI embedded solutions, they do not provide direct support of various raw image analysis formats or a versatile and simultaneously flexible combination of signal processing methods.
机译:背景技术通过开发各种工具(开源和商业工具),微阵列数据分析领域不断发展。但是,没有预定义的合理算法分析工作流程或批处理标准化处理来纳入所有步骤,从原始数据导入到派生显着差异表达的基因列表。这种缺乏混淆了分析程序,并阻碍了基因组微阵列数据集的大规模比较处理。而且,所提供的解决方案在很大程度上取决于用户的编程技能,而在GUI嵌入式解决方案的情况下,它们不提供对各种原始图像分析格式的直接支持或信号处理方法的通用且同时灵活的组合。

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