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3D: diversity dynamics differential testing – a proposed pipeline for analysis of next-generation sequencing T cell repertoire data

机译：3D：多样性动力学差异测试–拟议的用于分析下一代测序T细胞库数据的管道

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摘要

BackgroundCancer immunotherapy has demonstrated significant clinical activity in different cancers. T cells represent a crucial component of the adaptive immune system and are thought to mediate anti-tumoral immunity. Antigen-specific recognition by T cells is via the T cell receptor (TCR) which is unique for each T cell. Next generation sequencing (NGS) of the TCRs can be used as a platform to profile the T cell repertoire. Though there are a number of software tools available for processing repertoire data by mapping antigen receptor segments to sequencing reads and assembling the clonotypes, most of them are not designed to track and examine the dynamic nature of the TCR repertoire across multiple time points or between different biologic compartments (e.g., blood and tissue samples) in a clinical context.
机译：背景技术癌症免疫疗法已在不同癌症中表现出显着的临床活性。 T细胞代表了适应性免疫系统的关键组成部分，被认为可以介导抗肿瘤免疫。 T细胞通过T细胞受体（TCR）对抗原进行特异性识别，这对于每个T细胞都是唯一的。 TCR的下一代测序（NGS）可以用作分析T细胞库的平台。尽管有许多软件工具可用于通过将抗原受体片段映射到测序读段和组装克隆型来处理库数据，但大多数工具并非旨在跟踪和检查TCR库在多个时间点或不同时间点之间的动态性质。临床环境中的生物隔室（例如血液和组织样本）。

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