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首页> 美国卫生研究院文献>Bioinformatics >A convex optimization approach for identification of human tissue-specific interactomes
【2h】

A convex optimization approach for identification of human tissue-specific interactomes

机译：用于识别人体组织特异性相互作用组的凸优化方法

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>Motivation: Analysis of organism-specific interactomes has yielded novel insights into cellular function and coordination, understanding of pathology, and identification of markers and drug targets. Genes, however, can exhibit varying levels of cell type specificity in their expression, and their coordinated expression manifests in tissue-specific function and pathology. Tissue-specific/tissue-selective interaction mechanisms have significant applications in drug discovery, as they are more likely to reveal drug targets. Furthermore, tissue-specific transcription factors (tsTFs) are significantly implicated in human disease, including cancers. Finally, disease genes and protein complexes have the tendency to be differentially expressed in tissues in which defects cause pathology. These observations motivate the construction of refined tissue-specific interactomes from organism-specific interactomes.>Results: We present a novel technique for constructing human tissue-specific interactomes. Using a variety of validation tests (Edge Set Enrichment Analysis, Gene Ontology Enrichment, Disease-Gene Subnetwork Compactness), we show that our proposed approach significantly outperforms state-of-the-art techniques. Finally, using case studies of Alzheimer’s and Parkinson’s diseases, we show that tissue-specific interactomes derived from our study can be used to construct pathways implicated in pathology and demonstrate the use of these pathways in identifying novel targets.>Availability and implementation: >Contact:
机译：>动机：对特定于有机体的相互作用组的分析产生了对细胞功能和协调，病理学理解以及标记物和药物靶标识别的新颖见解。然而，基因在其表达中可以表现出不同水平的细胞类型特异性，并且它们的协同表达表现在组织特异性功能和病理学中。组织特异性/组织选择性相互作用机制在药物发现中具有重要的应用，因为它们更有可能揭示药物靶标。此外，组织特异性转录因子（tsTFs）与人类疾病（包括癌症）有很大关系。最后，疾病基因和蛋白质复合物倾向于在缺陷引起病理的组织中差异表达。这些发现促使从生物体特异性相互作用组构建精制的组织特异性相互作用组。>结果：我们提出了一种构建人体组织特异性相互作用组的新技术。通过使用各种验证测试（边缘集富集分析，基因本体富集，疾病基因子网紧凑性），我们证明了我们提出的方法明显优于最新技术。最后，通过对阿尔茨海默氏病和帕金森氏病的案例研究，我们证明了源自我们研究的组织特异性相互作用组可以用于构建与病理学有关的途径，并证明这些途径在鉴定新靶标中的用途。>可用性和实现： >联系方式：

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